qiime feature-classifier classify-sklearn注释原理Qiime的`feature-classifier classify-sklearn`命令是使用预训练的基于sklearn的分类器对特征数据进行分类注释。 该命令的工作原理如下: 1. 准备分类器和待分类的特征数据:首先,需要有一个已经训练好的分类器(通常是`.qza`格式的文件),以及需要进行分类的特征数据(...
qiime feature-classifier classify-sklearn --i-reads dada2_rep_set.qza --i-classifier gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza --o-classification taxonomy.qza 可视化物种注释命令: qiime metadata tabulate --m-input-file taxonomy.qza --o-visualization taxonomy.qzv 输出结果文件:taxonomy.qza,即...
# downlaod silva classifier datawget https://data.qiime2.org/2020.8/common/silva-138-99-nb-classifier.qza # annotationqiime feature-classifier classify-sklearn\--i-classifier database/silva-138-99-nb-classifier.qza\--i-reads result/rep-seqs.qza\--o-classification result/taxonomy-dada2-...
# downlaod silva classifier data wget https://data.qiime2.org/2020.8/common/silva-138-99-nb-classifier.qza # annotation qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier database/silva-138-99-nb-classifier.qza \ --i-reads result/rep-seqs.qza \ --o-classification result/taxonomy...
q2-feature-classifier的classify-sklearn操作不再支持传递小于可能总数的 n 个内核/进程参数--p-n-jobs。这是上一个版本引入的错误,因此当时没有发出任何更改警告。 以下是此次发布的亮点: QIIME 2 VIEW更新[3] @Oddant1[4]完全重写了QIIME 2 View,使我们能够更快地整合更改和改进!
Usage:qiime feature-classifier classify-sklearn[OPTIONS]Classify readsbytaxon using a fitted classifier.Inputs:--i-reads ARTIFACT FeatureData[Sequence]The featuredatatobe classified.[required]--i-classifier ARTIFACT TaxonomicClassifier The taxonomic classifierforclassifying the reads.[required]Parameters:--...
q2-feature-classifier classify-sklearn:参数的默认值已更改为不允许。如果您将参数明确指定,则需要将其更改。如果你没有明确设置这个参数,那么你没有什么可担心的!reads_per_batch0"auto"0reads_per_batch0"auto"0 请根据需要更新脚本、工作流程等。卡住了?在论坛上寻求帮助。
time qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-reads ./dada2_rep_set.qza \ --i-classifier ./gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza \ --o-classification ./taxonomy.qza 输出对象: taxonomy.qza: 物种注释结果。 查看 | 下载 ...
"https://data.qiime2.org/2018.11/common/gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza" 物种注释和可视化 qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza \ --i-reads rep-seqs.qza \ --o-classification taxonomy.qza ...
例如,某些QIIME 2插件(例如q2-vsearch)中的classify-consensus-vsearch方法在幕后使用了VSEARCH之类的外部软件。如果使用classify-consensus-vsearch,则应引用VSEARCH(提供此方法使用的对齐算法);我们应引用q2-feature-classifier中提供通过此方法执行的LCA物种学分类的算法,并应引用QIIME 2(将真理带给世界,并给我们的生存带...