Usage:qiime feature-classifier classify-sklearn[OPTIONS]Classify readsbytaxon using a fitted classifier.Inputs:--i-reads ARTIFACT FeatureData[Sequence]The featuredatatobe classified.[required]--i-classifier ARTIFACT TaxonomicClassifier The taxonomic classifierforclassifying the reads.[required]Parameters:--p...
q2-feature-classifier的classify-sklearn操作不再支持传递小于可能总数的 n 个内核/进程参数--p-n-jobs。这是上一个版本引入的错误,因此当时没有发出任何更改警告。 以下是此次发布的亮点: QIIME 2 VIEW更新[3] @Oddant1[4]完全重写了QIIME 2 View,使我们能够更快地整合更改和改进! 一些新功能包括: 动态可视...
q2-feature-classifier *有关详细信息,请参阅中断更改部分。 对操作进行了改进,以便在使用时更加清楚。classify-sklearn"auto"reads_per_batch q2-diversity 提供了一个很好的元数据验证增强功能,以便当元数据中存在 NaN 时,会出现用户友好型错误。 快乐Qiiming吧!
这个过程的第一步是为FeatureData[Sequence]的序列进行物种注释。我们将使用经过Naive Bayes分类器进行预训练,并通过q2-feature-classifier插件裁剪出符合样品制备和测序参数进行(即扩增的引物和测序序列的长度)训练分类器。我们将把这个分类器应用到序列中,并且可以生成从序列到物种注释结果关联的可视化。 01训练分类器 ...
qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza \ --i-reads rep-seqs.qza \ --o-classification taxonomy.qza qiime metadata tabulate \ --m-input-file taxonomy.qza \ --o-visualization taxonomy.qzv ...
qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza \ --i-reads filtered-seqs.qza \ --o-classification taxonomy.qza 数据导出 qiime tools export --input-path rooted-tree.qza --output-path ~/out-tree qiime...
qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza \ --i-reads rep-seqs.qza \ --o-classification taxonomy.qza qiime metadata tabulate \ --m-input-file taxonomy.qza \ --o-visualization taxonomy.qzv ...
qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier database/silva-138-99-nb-classifier.qza \ --i-reads result/rep-seqs.qza \ --o-classification result/taxonomy-dada2-sliva.qza \ --p-n-jobs 20 \ --verbose \ --output-dir result/ ...
qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier database/silva-138-99-nb-classifier.qza \ --i-reads result/rep-seqs.qza \ --o-classification result/taxonomy-dada2-sliva.qza \ --p-n-jobs 20 \ --verbose \ --output-dir result/ step2: 可通过将某些代表序列与扩增子数据库在...
qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza \ --i-reads rep-seqs.qza \ --o-classification taxonomy.qza qiime metadata tabulate \ --m-input-file taxonomy.qza \ --o-visualization taxonomy.qzv ...