qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \ --i-reference-reads ref-seqs.qza \ --i-reference-taxonomy ref-taxonomy.qza \ --o-classifier classifier.qza 下面就用训练好的分类器给自己的数据分类,然后是可视化,这里就不可视化了,基本就结束了。然后你得到taxonomy文件后就可以进行不同分类水平的...
如基于进化距离的快速算法条型(Striped)UniFrac、物种分类新方法2-feature-classifier等;更重要的是软件的可扩展性和得到了同际同行的广泛支持,如接头和引物序列去除工具cutadapt、序列质量控制R包DADA2、聚类和去冗余的软件VSEARCH、纵向和成对样本分析工具longitudinal等,甚至包括宏基因组、宏代谢组分析和中文帮助文档,...
--o-classifier classifier.qza 输出对象: classifier.qza: 生成分类器文件。查看 | 下载 测试分类集 Test the classifier 下面我们使用训练好的分析器,对《4人体各部位微生物组分析Moving Pictures》中的代表序列进行物种注释。 # 使用训练后的分类集对结果进行注释, 21s time qiime feature-classifier classify-sk...
classify-sklearn算法 QIIME 2分析流程的物种注释插件q2-feature-classifier中包含三种不同的分类方法。其中,classify-consensus-blast和classify-consensus-vsearch都是基于序列对齐的方法,可以在比对结果的top hits找到合适的注释信息,不需要预先训练。但是对于特定类型的群落样本和测序参数(包括用于扩增的引物和序列读长等信...
q2-feature-classifier的classify-sklearn操作不再支持传递小于可能总数的 n 个内核/进程参数--p-n-jobs。这是上一个版本引入的错误,因此当时没有发出任何更改警告。 以下是此次发布的亮点: QIIME 2 VIEW更新[3] @Oddant1[4]完全重写了QIIME 2 View,使我们能够更快地整合更改和改进!
feature-classifier Plugin for taxonomic classification.# 物种分类 feature-table Plugin for working with sample by feature tables.#特征表格 gneiss Plugin for building compositional models.#建模 longitudinal Plugin for paired sample and time series analyses.#成对样品和时间序列分析 ...
qiime feature-table filter-seqs \ --i-data result/rep-seqs.qza \ --i-table result/final_table.qza \ --o-filtered-data result/final_rep_seqs.qza # reannotate qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier database/silva-138-99-nb-classifier.qza \ ...
q2-feature-classifier # 物种注释 q2-feature-table # 按条件操作特征表 q2-fragment-insertion # 系统发育树扩展,确定准确的进化地位 q2-gneiss # 构建组合模型 q2-longitudinal # 成对样本和时间序列分析 q2-metadata # 处理元数据 q2-phylogeny # 生成和操纵系统发育树 ...
qiime feature-classifier extract-reads \ --i-sequences 99_otus.qza \ --p-f-primerACTCCTACGGGAGGCAGCAG\ --p-r-primerGGACTACHVGGGTWTCTAAT\ --o-reads ref-seqs.qza # Train the classifier(分类器) # 基于筛选的指定区,生成实验特异的分类器 ...
q2-feature-classifier classify-sklearn:参数的默认值已更改为不允许。如果您将参数明确指定,则需要将其更改。如果你没有明确设置这个参数,那么你没有什么可担心的!reads_per_batch0"auto"0reads_per_batch0"auto"0 请根据需要更新脚本、工作流程等。卡住了?在论坛上寻求帮助。