--o-classifier classifier.qza 下面就用训练好的分类器给自己的数据分类,然后是可视化,这里就不可视化了,基本就结束了。然后你得到taxonomy文件后就可以进行不同分类水平的菌属分析了。 qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier classifier.qza \ --i-reads rep-seqs.qza \ --o-classificat...
# downlaod silva classifier data wget https://data.qiime2.org/2020.8/common/silva-138-99-nb-classifier.qza # annotation qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier database/silva-138-99-nb-classifier.qza \ --i-reads result/rep-seqs.qza \ --o-classification result/taxonomy...
wget https://data.qiime2.org/2020.8/common/silva-138-99-nb-classifier.qza # annotation qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier database/silva-138-99-nb-classifier.qza \ --i-reads result/rep-seqs.qza \ --o-classification result/taxonomy-dada2-sliva.qza \ --p-n-jo...
classify-sklearn算法 QIIME 2分析流程的物种注释插件q2-feature-classifier中包含三种不同的分类方法。其中,classify-consensus-blast和classify-consensus-vsearch都是基于序列对齐的方法,可以在比对结果的top hits找到合适的注释信息,不需要预先训练。但是对于特定类型的群落样本和测序参数(包括用于扩增的引物和序列读长等信...
q2-feature-classifier的classify-sklearn操作不再支持传递小于可能总数的 n 个内核/进程参数--p-n-jobs。这是上一个版本引入的错误,因此当时没有发出任何更改警告。 以下是此次发布的亮点: QIIME 2 VIEW更新[3] @Oddant1[4]完全重写了QIIME 2 View,使我们能够更快地整合更改和改进!
classifier.qza: 生成分类器文件。查看 | 下载 测试分类集 Test the classifier 下面我们使用训练好的分析器,对《4人体各部位微生物组分析Moving Pictures》中的代表序列进行物种注释。 # 使用训练后的分类集对结果进行注释, 21s time qiime feature-classifier classify-sklearn \ ...
q2-feature-classifier classify-sklearn:参数的默认值已更改为不允许。如果您将参数明确指定,则需要将其更改。如果你没有明确设置这个参数,那么你没有什么可担心的!reads_per_batch0"auto"0reads_per_batch0"auto"0 请根据需要更新脚本、工作流程等。卡住了?在论坛上寻求帮助。
"https://data./2019.4/common/gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza" qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza \ --i-reads rep-seqs.qza \ --o-classification taxonomy.qza ...
wget https://data.qiime2.org/2021.11/common/silva-138-99-nb-classifier.qza cd .. 2)注释 mkdir taxonomy qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier classifier/silva-138-99-nb-classifier.qza \ --i-reads dada2/rep-seqs.qza \ ...
"https://data.qiime2.org/2018.11/common/gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza" 物种注释和可视化 qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza \ --i-reads rep-seqs.qza \ --o-classification taxonomy.qza ...