qiime feature-classifier classify-sklearn --i-reads dada2_rep_set.qza --i-classifier gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza --o-classification taxonomy.qza 可视化物种注释命令: qiime metadata tabulate --m-input-file taxonomy.qza --o-visualization taxonomy.qzv 输出结果文件:taxonomy.qza,即...
qiime feature-table filter-seqs \ --i-data result/rep-seqs.qza \ --i-table result/final_table.qza \ --o-filtered-data result/final_rep_seqs.qza # reannotate qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifierdatabase/silva-138-99-nb-classifier.qza \ --i-reads result/final_...
classify-sklearn算法 QIIME 2分析流程的物种注释插件q2-feature-classifier中包含三种不同的分类方法。其中,classify-consensus-blast和classify-consensus-vsearch都是基于序列对齐的方法,可以在比对结果的top hits找到合适的注释信息,不需要预先训练。但是对于特定类型的群落样本和测序参数(包括用于扩增的引物和序列读长等信...
q2-feature-classifier的classify-sklearn操作不再支持传递小于可能总数的 n 个内核/进程参数--p-n-jobs。这是上一个版本引入的错误,因此当时没有发出任何更改警告。 以下是此次发布的亮点: QIIME 2 VIEW更新[3] @Oddant1[4]完全重写了QIIME 2 View,使我们能够更快地整合更改和改进! 一些新功能包括: 动态可视...
Usage:qiime feature-classifier classify-sklearn[OPTIONS]Classify readsbytaxon using a fitted classifier.Inputs:--i-reads ARTIFACT FeatureData[Sequence]The featuredatatobe classified.[required]--i-classifier ARTIFACT TaxonomicClassifier The taxonomic classifierforclassifying the reads.[required]Parameters:--...
qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier database/silva-138-99-nb-classifier.qza \ --i-reads result/rep-seqs.qza \ --o-classification result/taxonomy-dada2-sliva.qza \ --p-n-jobs 20 \ --verbose \ --output-dir result/ ...
classifier.qza: 生成分类器文件。查看 | 下载 测试分类集 Test the classifier 下面我们使用训练好的分析器,对《4人体各部位微生物组分析Moving Pictures》中的代表序列进行物种注释。 # 使用训练后的分类集对结果进行注释, 21s time qiime feature-classifier classify-sklearn \ ...
q2-feature-classifier classify-sklearn:参数的默认值已更改为不允许。如果您将参数明确指定,则需要将其更改。如果你没有明确设置这个参数,那么你没有什么可担心的!reads_per_batch0"auto"0reads_per_batch0"auto"0 请根据需要更新脚本、工作流程等。卡住了?在论坛上寻求帮助。
classify-sklearn: 预先基于sklearn的物种注释分类器 extract-reads: 从参考中提取读取 fit-classifier-naive-bayes: 训练naive_bayes分类器 fit-classifier-sklearn: 训练几乎任意的scikit-learn分类器 vsearch-global: VSEARCH 全局对齐搜索 feature-table:用于按特征表处理样本 ...
qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza \ --i-reads rep-seqs.qza \ --o-classification taxonomy.qza qiime metadata tabulate \ --m-input-file taxonomy.qza \ --o-visualization taxonomy.qzv ...