01 旋转结构 在PyMOL中可使用“rotate”命令对结构进行旋转,语法为: rotate axis,angle,object-name,state 比如对对象“1t46”沿Y轴旋转90°,可输入命令: rotate y, 90, 1t46 02 移动结构 在PyMOL中可使用“translate”命令对结构进行旋转,语法为: translate vector,object-name,state 其中“vector”为坐标,比...
import pymol pymol.finish_launching() # 执行一些PyMOL操作(例如,加载分子、调整视角等) pymol.cmd.load("example.pdb") # 加载一个示例分子 pymol.cmd.rotate("x", 90) #绕x轴旋转90度 # 撤回上一步操作 pymol.cmd.undo() 测试代码以确保其正常工作: 运行上述代码后,观察PyMOL界面,确认上一步...
对选择进行旋转 rotate axis, angle, selection 对选择进行平移 translate [x, y, z], selection 06 卡通模型设置 把以下相关命令中末尾的值设为0(最小值)将会强制使二级结构元件通过各氨基酸残基的alpha碳位置,即结构的显示更为精确,但不美观。 圆柱体形式的螺旋 set cartoon_cylindrical_helices, 1 精致的螺旋...
构象1 初始close构象 构象2 初始open构象 构象3 和构象1 相同,初始close构象 构象4 初始close构象旋转90度(通过movement控制和rotate y,90,xxx命令)得到 构象5 初始open构象和构象4叠合后的构象。动画效果如下所示, 点我查看动画:构象搜索的动画分子对接动画...
示例:rotate 90 0,0,1 缩放模型:scale <因子> 示例:scale 1.5 剪切模型:剪切模型:cut <平面方程> 示例:cut xy 复制模型:copy 示例:copy - 视图操作 切换视图:view <视图名称> 示例:view front 旋转视图:rotate <角度> 示例:rotate 90 缩放视图:scale <因子> 示例:scale 1.5 裁剪视图:crop <裁剪框> 示...
align (source), (target) #the source object will be moved and rotated to fit the target object 例如: align (prot1 and chain A), (prot2 and chain B) 按整条链叠合 align mol1 & resi N1, mol2 & resi N2 按某一个残基叠合
It only needs to calculate the surface once, and it will rotate and move fairly easily after that, but will look DAMN GOOD too. Grasp2打开DelPhi电势文件 File-Load phimap-Insight format ,选择DelPhi产生的phimap.grd文件修结构方法搜集修结构刚开始据说是要先修主链修结构刚开始据说是要先修主链。修...
Find and fix vulnerabilities Codespaces Instant dev environments GitHub Copilot Write better code with AI Code review Manage code changes Issues Plan and track work Discussions Collaborate outside of code Explore All features Documentation GitHub Skills ...
我要如何找出蛋白質和DNA的鍵結? 指令: 1. 重新開啟 1 D 66. pdb hide all show ribbon rotate z, -90 select dna, chain d+e 選擇 chain D+E,並命名為 DNA hide ribbon, dna show cartoon, dna 10 select atom 01, dna around 3. 1 and not dna 選擇距離 DNA 3. 1 A內,但不選擇 DNA!
cmd.rotate('x', 15) zoom 当然,你也可以自定义看起来舒服的视角。 修改完成后记得在“Setting”→“Edit All...”取消勾选“all_states”,这样就完成了对所有状态的视角的修改: 图8:修改视角后的效果 我们还可以调整背景颜色,在“Display”→“Background”中进行选择,例如可以选择白色。为了获得更高的对比度...