01 旋转结构 在PyMOL中可使用“rotate”命令对结构进行旋转,语法为: rotate axis,angle,object-name,state 比如对对象“1t46”沿Y轴旋转90°,可输入命令: rotate y, 90, 1t46 02 移动结构 在PyMOL中可使用“translate”命令对结构进行旋转,语法为: translate vector,object-name,state 其中“vector”为坐标,比...
PyMOL能够读取PDB,MOL/SDF,Macromodel,ChemPy Model和Tinker XYZ格式的数据文件。这些格式文件的某些数据区允许PyMOL为原子指定属性。根据这些属性,你可以应用属性选择符和标识符对原子进行分组和选择:选择符对应于数据文件的这些数据区,标识符对应于匹配的目标词或目标数字。 在标识符列表中不同的项目仅用“+”连接,...
Ø调整前截面和后截面,以便更清楚地观察分子的切片图。 Ø改变任何感兴趣的原子为选旋转中心。 二、命令行操作入门 此部分介绍典型常用的命令,命令语法的详细内容见《PYMOL命令》。 PYMOL语言是事件敏感的(case-sensitive),但是前一个事件不能应用到当前的命令中,所以谨记一定要对下一个事件输入必要的命令。 1...
作为Comate,一个智能编程助手,我很乐意帮助你了解如何在PyMOL中制作动画。下面我将分点详细解答你的问题: 了解PyMOL的基本操作和命令: PyMOL是一款强大的分子可视化工具,支持广泛的分子建模和可视化操作。基本操作包括加载分子结构、旋转和平移视图、调整颜色和透明度等。常用命令包括load(加载分子文件)、rotate(旋转视图...
pymol常用命令
旋转图像(虚拟滚动球rotate) 在XY上移动图像(translate平移) 在Z上移动图像(zoom变焦) Shift 移动截面 Ctrl Shift+Ctrl 回到旋转起始 2)虚拟滚动球旋转 虚拟滚动球 虚拟滚动球犹如在视野中有个可见的球。当你在屏幕点击拖拽时,好像你的手指按在了球上进行相似的操作。如果在球体外点击拖动,仅能在Z轴上做环形旋转...
按住左键滑动会旋转结构(rotate),按住中键滑动会移动结构(move), 按住右键滑动会缩放结构(move zoom)。这个不用记,多按几下就熟了,实在忘了在右下角有提示的,如下图Mouse Mode 3-Button ViewingButtons L& Keys Rata ShFt +Box Ctrl +/- 6、CtSh Sele SnglCLk +/- DblClk MenuM R Wheel Move MovZ ...
控制pymol视图:可以使用pymol.cmd.zoom()、pymol.cmd.rotate()等方法来控制pymol视图的缩放和旋转。 保存和输出结果:可以使用pymol.cmd.save()方法将pymol的结果保存为图片或视频等格式。 总结: pymol模块是一个用于分子结构可视化和分析的强大工具,可以通过以上步骤将其嵌入到Python中。通过导入pymol模块、创建...
按住左键滑动会旋转结构(rotate),按住中键滑动会移动结构(move),按住右键滑动会缩放结构(move zoom)。这个不用记,多按几下就熟了,实在忘了在右下 4、角有提示的,如下图下载打开7cel 的pdb文件后,在all小框下面会出现7cel小框,后面还跟着几个按键ASHLC,这几个按键后面会一点点介绍。先左键点击一下7cel...
将所有png图片上传到服务器,在LINUX环境下,运用convert命令生成动画图片,gif格式。 convert *.png t_rotate.gif #convert功能十分强大,可另行学习各种图片编辑和转换操作 (2) Python脚本生成 参考文章 Python绘图|Python将多张静态图片合成gif动态图片 裁剪尺寸 PPT中裁剪gif动图成自己想要的尺寸即可。