PyMOL具备许多常用命令，如show、hide、rotate、zoom和measure等，帮助用户高效完成分子可视化与结构分析。此外，用户还可以通过命令改变背景颜色、保存图片、调整label字体大小及应用不同的着色方案。以下是一些基本的PyMOL命令及其简要说明：查看/切换工作路径：要查看当前工作路径，可以使用pwd命令；若需切换至其他路径，则...
01 旋转结构 在PyMOL中可使用“rotate”命令对结构进行旋转,语法为: rotate axis,angle,object-name,state 比如对对象“1t46”沿Y轴旋转90°,可输入命令: rotate y, 90, 1t46 02 移动结构 在PyMOL中可使用“translate”命令对结构进行旋转,语法为: translate vector,object-name,state 其中“vector”为坐标,比...
当创建一个selection-name后,PYMOL会在控制面板显示出,以便利用面板里的控制功能(见“PYMOL命令”)。 命名的选择(named-selection)如“boy007”和PYMOL的对象(object)是有本质区别的。当载入文件时PYMOL创建object-name用来盛放数据,而选择是指向一组数据的方式。为了区别selection-names和object-names,在控制面板里s...
旋转结构(rotate),按住中键滑动会移动结构(move),按住右键滑动会缩放结构(move zoom)。 这个不用记多按几下就熟了,实在忘了在右下角有提示的,如下图 下载打开7celpdb文件后,在all小框下面会出现7cel小框,后面还跟着几个按键ASHLC,这几个按键后面会一点点介绍。先左键点击一7cel小框,会发现结构消失...
窗口内右边的内部GUI可使用户对特定对象(object)和特定原子选择(atom selection注意:原子选择是用户选择了的原子、残基、链、片段、对象等等,相对object而言)进行操作。从上到下,内部GUI包括对象列表、鼠标按钮配制矩阵、结构指示器和一套VCR(动画控制)。
准备材料(选定蛋白体系,配体) 分子对接,保留制作动画用的配体小分子构象 制作动画3.1 导入蛋白,3.2 通过命令导入小分子,并设置object的名字为ligload conf1name.mol2, lig load conf2name.mol2,lig ... ... 3.3 美化,调整角度,颜色,显示模式,动画速度等...
按住左键滑动会旋转结构(rotate),按住中键滑动会移动结构(move), 按住右键滑动会缩放结构(move zoom)。这个不用记,多按几下就熟了,实在忘了在右下角有提示的,如下图Mouse Mode 3-Button ViewingButtons L& Keys Rata ShFt +Box Ctrl +/- 6、CtSh Sele SnglCLk +/- DblClk MenuM R Wheel Move MovZ ...
object-name/segi-id/chain-id/resi-id/name-id 分子体系选择/pept 分子选择/pept/lig 链选择/pept/lig/a 残基选择/pept/lig/a/10 原子选择/pept/lig/a/10/ca 范围选择lig/a/10-12/ca 范围选择a/6+8/c+o 缺省选择/pept//a 命名一个选择select bb, name c+o+n+ca ...
下表是基本的鼠标按钮和键盘结合的操作功能:键盘鼠标左键中键右键旋转图像(虚拟滚动球rotate)在X 10、Y上移动图像(translate平移)在Z上移动图像(zoom变焦)Shift移动截面CtrlShift+Ctrl回到旋转起始2) 虚拟滚动球旋转虚拟滚动球虚拟滚动球犹如在视野中有个可见的球。当你在屏幕点击拖拽时,好像你的手指按在了球上进行...
1.启动4 1)通过⿏标4 2)通过命令⾏4 2.PyMOL窗⼝4 1)Virewer窗⼝4 2)外部GUI窗⼝5 3.下载PDB⽂件5 4.操控视图6 1)基本⿏标控制6 2)虚拟滚动球旋转7 3)移动截⾯7 4)改变旋转中⼼点8 5)简单回顾9 ⼆、命令⾏操作⼊门9 1.记录结果9 2.载⼊数据9 3.操控对象（Object）...