在PyMOL中可使用“rotate”命令对结构进行旋转,语法为: rotate axis,angle,object-name,state 比如对对象“1t46”沿Y轴旋转90°,可输入命令: rotate y, 90, 1t46 02 移动结构 在PyMOL中可使用“translate”命令对结构进行旋转,语法为: translate vector,object-name,state 其中“vector”为坐标,比如让对象“1t...
打开命令行界面:在 PyMOL 的图形用户界面中,点击菜单栏的 Extensions -> Python Shell,或者按快捷键 Ctrl+T 打开命令行界面。 输入命令:在命令行界面中输入命令,然后按回车键执行。例如,输入 load protein.pdb, protein 来加载一个蛋白质文件。 查看结果:执行命令后,PyMOL 的图形用户界面会实时更新,显示命令执行...
(“#”是注释标志,在命令行中,#后输入任何信息都不会被PYMOL读取) 上面载入文件的命令是典型的PYMOL语法。load是关键词,它要求PYMOL去执行一定的功能。data-file-name和object-name是要load的参数,这些参数告诉PYMOL载入什么文件和命名文件。一般而言,参数对关键词来说仅提供运行命令需要的信息。 3.操控对象(mani...
旋转图像(虚拟滚动球rotate) 在XY上移动图像(translate平移) 在Z上移动图像(zoom变焦) Shift 移动截面 Ctrl Shift+Ctrl 回到旋转起始 虚拟滚动球旋转虚拟滚动球虚拟滚动球犹如在视野中有个可见的球。当你在屏幕点击拖拽时,好像你的手指按在了球上进行相似的操作。如果在球体外点击拖动,仅能在Z轴上做环形旋转;...
rotate [axis], [angle] 平移 translate [axis], [distance] 缩放 zoom [factor] 重置视图 reset 4. 选择和操作原子 选择指定链 select chain_A, chain A 选择指定残基范围 select res_1_100, resi 1-100 显示选择的原子 show sticks, sele 删除选择的原子 remove sele 5. 颜色和样式 改变颜色 color red...
示例:rotate 90 缩放视图:scale <因子> 示例:scale 1.5 裁剪视图:crop <裁剪框> 示例:crop 5,5,5,5 - 测量操作 计算键长:bond <键> 示例:bond O1-O2 计算键角:angle <键 1>-<键 2>-<键 3> 示例:angle O1-O2-O3 计算分子体积:volume 示例:volume - 绘制操作 绘制键:bond <键> 示例:bond O1...
安装完成后，您可以通过在命令行输入“pymol”来启动软件，并开始探索其功能。安装完成后，重启PyMOL，你将看到界面已切换为PyMOL2版本。△ PyMOL的常用命令和操作指南 PyMOL具备许多常用命令，如show、hide、rotate、zoom和measure等，帮助用户高效完成分子可视化与结构分析。此外，用户还可以通过命令改变背景颜色、保存...
构象1 初始close构象 构象2 初始open构象 构象3 和构象1 相同,初始close构象 构象4 初始close构象旋转90度(通过movement控制和rotate y,90,xxx命令)得到 构象5 初始open构象和构象4叠合后的构象。动画效果如下所示, 点我查看动画:构象搜索的动画分子对接动画...
- 旋转视角:`rotate view_name` - 缩放视角:`zoom view_name` - 链操作: - 选链:`select chain "链名称"` - 隐藏链:`hide chain "链名称"` - 链互换:`chain swap "链名称 1" "链名称 2"` - 残基操作: - 选残基:`select residue "残基名称"` - 隐藏残基:`hide residue "残基名称"` - 残基...
xyz axes, but be warned that the labels rotate with your molecule, so getting them orientedperpendicular to the view may be a pain (unless there is something I’ve missed).Warren’s example from a previous reply of his (cgotext.py): draw text using cgo from pymol import cmdfrom pymol...