微信公众号:cadd学习笔记 前言分享一个小pymol脚本自动化显示小分子-蛋白相互作用(氢键、盐桥、Pi-Pi、Cation-Pi)。该脚本主要利用pymol自带的distance命令去判断各种相互作用。 代码#!/usr/bin/env python # -*-…
展示小分子与蛋白质相互作用的自动化Pymol脚本，通过Pymol自带的distance命令，实现对氢键、盐桥、Pi-Pi、Cation-Pi等相互作用的判断。脚本使用方法如下：终端运行“pymol -qc show_interaction.py -- pdb所在路径”，例如将pdb与py脚本存于同一文件夹，并执行“pymol -qc show_interaction.py -- .”...
Pymol自动化显示小分子-蛋白相互作用 cadder 微信公众号:cadd学习笔记前言分享一个小pymol脚本自动化显示小分子-蛋白相互作用(氢键、盐桥、Pi-Pi、Cation-Pi)。该脚本主要利用pymol自带的distance命令去判断各种相互作… 阅读全文 赞同 10 22 条评论 ...
发现配体分子（含苯环）与受体上的Trp侧链比较靠近，接近平行。我怀疑二者可能存在pi-pi相互作用，现在...
ps:阳离子-π相互作用[cation-pi相互作用]是富电子π系统(例如苯,乙烯,乙炔)和相邻阳离子(例如Li +,Na +)之间的非共价分子相互作用。 这种相互作用是单极(阳离子)[如三级胺也会形成阳离子] 和四极(π系统)之间非共价键的一个例子。最长可以到6.6
F26-1 如何用 Pymol 软件可视化分子对接结果,绘制分子间氢键,加标签?【零基础,半天学会中药复方网络药理学与分子对接】 1.3万播放 F26-4 如何用 Pymol 测量分子对接氢键长度,原子间距测量?【零基础,半天学会中药复方网络药理学与分子对接】 4730播放 Pymol--用pseudoatom展示pi-cation相互作用 1.7万播放 基于Auto...
可能需要根据受体和配体上氨基酸残基的距离进行推测吧。如果有氢键、盐桥等等相互作用的话，距离应该是需要...
选open,打开一个pdb文件,dimplot是做蛋白质之间相互作用的。例子一:domain 1:后面的框里输入 281-316 adomain 2:后面的框里输入2-146 d选择包括水(氢键太多,显示很乱),保持第一条链的氨基酸顺序静电势delphi(有问题)delphi v.5.1使用方法(以c.pdb为例)manual在程序里doc目录下。文件准备解压缩delphi软件到...
选open,打开一个pdb文件,DIMPLOT是做蛋白质之间相互作用的。例子一: Domain 1:后面的框里输入 281-316 A Domain 2:后面的框里输入2-146 D 选择包括水(氢键太多,显示很乱),保持第一条链的氨基酸顺序静电势DelPhi(有问题) DelPhi v.5.1使用方法(以c.pdb为例)Manual在程序里doc目录下。文件准备解压缩DelPhi...
蛋白质是生命活动的体现者,其结构决定着功能。由线性氨基酸组成的蛋白质需要折叠成特定的空间结构才具有相应的生理活性和生物学功能。 解析蛋白质的空间结构对于认识蛋白质的功能、功能的执行、生物大分子间的相互作用,以及医学和药学的发展...