pymol是一款商业开发软件,但是其仍旧有着用于学术的免费开源版本,被作者放在了github上(github.com/schrodinger/)。这种开源的python拓展工具包可以到加州大学欧文分校 Christoph Gohlke实验室做的一个非官方python拓展工具下载网站(lfd.uci.edu/~gohlke/pyt)下载。 python拓展工具下载网址 由于pymol是极其依赖于python环境...
首先,确保鼠标模式(Mouse Mode)为Viewing状态,选择(Selecting)模式为Atoms状态(位置在PyMOL右下方)。然后,按照下面步骤操作: 然后,点击PyMOL菜单栏的Wizard -> Measurement,然后根据示意图点击刚才创建的小球,两两一组,便画出虚线(相应地,生成对象measure01~05)。 · 绘制其他作用力采用相同的办法,把氢键和疏水作用...
PyMOL是一款流行的分子可视化工具,常用于生物信息学和结构生物学领域。在PyMOL中,可以通过多种方式调整分子模型的透明度。 示例:调整整个分子的透明度 打开PyMOL并加载分子结构:假设你已经有了一个名为protein.pdb的蛋白质文件。 pymol protein.pdb 调整透明度:在PyMOL的命令输入区,使用set_transparency命令可以调整整个...
勾选【Add Python...PATH】点击【Customize installation】 点击【next】 勾选【Install Python 3.14 for all users】 修改路径(我本人习惯是D盘) 点击【Install】 安装结束点击【Close】 点击桌面任务栏中的【开始图标】找到python软件后,双击没问题即安装成功 第二步:Autodock、Vina、MGLTools、Pymol安装 Autodock...
以windows平台,python3.11为基础安装对应的pymol开源版本 Python3.11下载安装 官网下载:https://www.python.org/ Stable Releases(稳定) 打开安装文件安装 勾上PATH后如图操作安装 选择安装地址后安装即可 输入:python验证是否成功安装 后安装pmw:python -m pip install pmw ...
Pymol是一款用于创作高品质分子(特别是生物大分子如蛋白质)三维结构图像的软件。其名字的来源是“Py”,表示该软件基于python这个计算机语言,“Mol”则是英文分子(molecule)的缩写,表示该软件用来显示分子结…
pip install pymol-2.5.0-cp38-cp38-win_amd64.whl 1. 3. 验证安装 测试安装:打开Python交互式解释器或创建一个新的Python脚本来测试是否安装成功: AI检测代码解析 import pymol print(pymol.__version__) 1. 2. 这应该会输出你安装的PyMOL版本号。
安装Python,并确保Python版本与你要安装的PyMOL版本兼容。 安装pip,pip是Python的包管理器,用于安装和管理外部库。 选择合适的whl文件: 根据你的Python版本和操作系统,从可靠的来源下载对应的PyMOL预编译whl文件。 安装步骤 下载whl文件: 访问可靠的源,如gitee.com/dirty-little-star/whl_chinese_mirror或其他可信...
Python与Pymol成功下载安装的步骤记录如下：一、Python的安装 版本选择：选择Python 3.11.5版本，适用于64位Windows系统。下载与保存：访问python.org官网，找到Stable Releases部分的Python 3.11.5版本，点击下载。将下载的安装包保存至D:Moleculardockingpython文件夹。安装过程：双击安装包，选择“Add ...
pymol的使用需要基于python环境,本教程从python环境配置开始,基于python2.7进行安装。如果您曾经安装过python,可以直接进入pymol安装步骤,但是要留意下载对应版本的whl文件。 本次使用到的文件:链接:https://pan.baidu.com/s/1aPQggII3HvvTM6X3j-wlhA 提取码:1234 ...