pvalue(pval): 统计学差异显著性检验指标。 qvalue(p-adjusted): 校正后的p值(qvalue=padj=FDR=Corrected p-Value=p-adjusted),是对p值进行了多重假设检验,能更好地控制假阳性率。校正后的p值不同的几种表现形式,都是基于BH的方法进行多重假设检验得到的。校正后的p值不同的展现形式是因为不同的分析软件...
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R函数p.adjust可用来计算一组p-value校正后的fdr值。(DESeq2中返回的padj也是用BH方法控制的FDR) q-value是什么? q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法,具体见什么,你算出的P-value看上去像齐天大圣变的庙?。 如何尽量减少统计检验次数 我们看到上面的校正方法多于统计检测次数有关,统...
富集的柱状图或者气泡图一般会选择前10或者前20个进行作图。x轴一般有几种情况，如count/Gene Ratio/-Log10(padj）。柱子越长说明该条目下基因数越多、富集后越显著。y轴表示富集条目，GO富集下面有三个level，不同level可以使用不同颜色区分，也可以像下图这样做成不同的框图。（3）气泡图 x轴是一个比值（Rich...
BH法有时也称fdr法,是我们最常用的多重假设检验校正方法,可以很好的控制假阳性率和维持统计检出力。R函数p.adjust可用来计算一组p-value校正后的fdr值。(DESeq2中返回的padj也是用BH方法控制的FDR) q-value是什么? q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法,具体见什么,你算出的P-value看...
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