pvalue(pval): 统计学差异显著性检验指标。 qvalue(p-adjusted): 校正后的p值(qvalue=padj=FDR=Corrected p-Value=p-adjusted),是对p值进行了多重假设检验,能更好地控制假阳性率。校正后的p值不同的几种表现形式,都是基于BH的方法进行多重假设检验得到的。校正后的p值不同的展现形式是因为不同的分析软件...
DESeq2中还额外进行了independent filtering进行进一步过滤提高统计检出率。 没有通过过滤标准的基因校正后的padj赋值为NA (这也是之前总被问起的DESeq2结果中NA的来源)。 如何获得更小更稳定的检测P-value 增加生物重复使得统计结果检验更稳定,见如果不是没有钱谁想只测3个重复。 选择合适的统计方法屏蔽个体差异,...
没有通过过滤标准的基因校正后的padj赋值为NA(这也是之前总被问起的DESeq2结果中NA的来源)。 如何获得更小更稳定的检测P-value 增加生物重复使得统计结果检验更稳定,见如果不是没有钱谁想只测3个重复。 选择合适的统计方法屏蔽个体差异,见上面提到的批次校正和limma配对检验。
R函数p.adjust可用来计算一组p-value校正后的fdr值。(DESeq2中返回的padj也是用BH方法控制的FDR) q-value是什么? q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法,具体见什么,你算出的P-value看上去像齐天大圣变的庙?。 如何尽量减少统计检验次数 我们看到上面的校正方法多于统计检测次数有关,统...
BH法有时也称fdr法,是我们最常用的多重假设检验校正方法,可以很好的控制假阳性率和维持统计检出力。R函数p.adjust可用来计算一组p-value校正后的fdr值。(DESeq2中返回的padj也是用BH方法控制的FDR) q-value是什么? q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法,具体见什么,你算出的P-value看...
BH法有时也称fdr法,是我们最常用的多重假设检验校正方法,可以很好的控制假阳性率和维持统计检出力。R函数p.adjust可用来计算一组p-value校正后的fdr值。(DESeq2中返回的padj也是用BH方法控制的FDR) q-value是什么? q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法,具体见什么,你算出的P-value看...
富集的柱状图或者气泡图一般会选择前10或者前20个进行作图。x轴一般有几种情况，如count/Gene Ratio/-Log10(padj）。柱子越长说明该条目下基因数越多、富集后越显著。y轴表示富集条目，GO富集下面有三个level，不同level可以使用不同颜色区分，也可以像下图这样做成不同的框图。（3）气泡图 x轴是一个比值（Rich...
P值是用来判定基因是否差异显著的值,Padj值是用来判定P值是否可信,通俗的说Padj值是“双重保险”,一般用P值就可以。 在KEGG_enrichment表中,会出现FDR值一样的情况,而P值却不一样,这是什么原因呢?如下图。 首先介绍一下FDR的计算方法。 FDR(假阳性率)错误控制法是Benjamini于1995年提出的一种方法,基本原理是...
pvalue(pval): 统计学差异显著性检验指标。qvalue(p-adjusted): 校正后的p值（qvalue=padj=FDR=Corrected p-Value=p-adjusted），是对p值进行了多重假设检验，能更好地控制假阳性率。校正后的p值不同的几种表现形式，都是基于BH的方法进行多重假设检验得到的。校正后的p值不同的展现形式是因为...
BH法有时也称fdr法,是我们最常用的多重假设检验校正方法,可以很好的控制假阳性率和维持统计检出力。R函数p.adjust可用来计算一组p-value校正后的fdr值。(DESeq2中返回的padj也是用BH方法控制的FDR) q-value是什么? q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法,具体见什么,你算出的P-value看...