pvalue(pval): 统计学差异显著性检验指标。qvalue(p-adjusted): 校正后的p值（qvalue=padj=FDR=Corrected p-Value=p-adjusted），是对p值进行了多重假设检验，能更好地控制假阳性率。校正后的p值不同的几种表现形式，都是基于BH的方法进行多重假设检验得到的。校正后的p值不同的展现形式是因为...
一般GO富集分析后会看到这样的表格，第一列表示GO的三个levels，ID表示 GO数据库ID，Decription：表示该GO term的功能描述，GeneRAatio：富集到该term里的差异基因数/全部差异基因数，BgRatio：该term的全部基因数/该物种全部有GO注释信息的基因数，pvalue是p值，p.adjust表示矫校正过的p值，qvalue是q值，geneID表...
BH法有时也称fdr法,是我们最常用的多重假设检验校正方法,可以很好的控制假阳性率和维持统计检出力。R函数p.adjust可用来计算一组p-value校正后的fdr值。(DESeq2中返回的padj也是用BH方法控制的FDR) q-value是什么? q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法,具体见什么,你算出的P-value看...
BH法有时也称fdr法,是我们最常用的多重假设检验校正方法,可以很好的控制假阳性率和维持统计检出力。R函数p.adjust可用来计算一组p-value校正后的fdr值。(DESeq2中返回的padj也是用BH方法控制的FDR) q-value是什么? q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法,具体见什么,你算出的P-value看...
BH法有时也称fdr法,是我们最常用的多重假设检验校正方法,可以很好的控制假阳性率和维持统计检出力。R函数p.adjust可用来计算一组p-value校正后的fdr值。(DESeq2中返回的padj也是用BH方法控制的FDR) q-value是什么? q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法,具体见什么,你算出的P-value看...
data['BH_fdr']=data['pvalue']*len(data)/(data.index+1)#即将bonferroni法校正的每个基因的p值除以它的排序就是BH校正后P值(这里给rowname统一加了1是因为python的索引是默认从0开始的不是1) data#这里我们看到BH_fdr列我们计算的p值与deseq2计算的校正后P值(padj列)完全一样 ...
BH法有时也称fdr法,是我们最常用的多重假设检验校正方法,可以很好的控制假阳性率和维持统计检出力。R函数p.adjust可用来计算一组p-value校正后的fdr值。(DESeq2中返回的padj也是用BH方法控制的FDR) q-value是什么? q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法,具体见什么,你算出的P-value看...
p-value:p值,用来表示差异基因的显著性水平,本次取p值小于0.05。 padj:p 值校正值 FDR,即对相同条件下的试验的差异显著性进行多重检验校正。 前面几个列头代表的意思很容易理解,我们最关注的是log2FoldChange、P值和Padjust值 P-value:p值,是统计学检验变量,代表差异显著性,一般认为P < 0.05 为显著, P ...
tmp<-results(dds2,contrast=c("group_list","withBM","noBM"))DEG_DESeq2_raw<-as.data.frame(tmp[order(tmp$padj),])head(DEG_DESeq2_raw)# 联系之前的内容DEseq2和edge会存在p值为0的情况 # baseMean log2FoldChange lfcSE stat pvalue padj ...
6d). GO analysis identified encoded proteins enriched in several processes, particularly antigenic variation (Padj = 8.36 × 10−32 at 16 h.p.i and 6.42 × 10−38 at 40 h.p.i.; Supplementary Data 4). PfAP2-P bound significantly (q < 0.05) to the ...