蛋白质数量性状位点(Protein Quantitative Trait Loci,pQTL)是指与蛋白质表达水平相关的遗传变异位点。这些遗传变异可以影响特定基因的转录、翻译、或降解蛋白质等过程,从而影响人体中蛋白质水平。pQTL是基因组关联研究(Genome-Wide Association Studies,GWAS)的一个分支,主要是探索基因型与蛋白质表达水平之间的关联。研究者...
pQTL:蛋白质数量性状位点 mQTL:甲基化数量性状位点 sQTL:剪切数量性状位点 共定位分析主要用于确定两个或多个表型(例如,疾病或分子表型)是否由同一区域的同一个因果变异位点驱动。这种分析可以加强两个表型之间的关联证据,帮助我们理解不同表型之间的关系。在生物信息学中,共定位分析通常用于解释全基因组关联研究(GWAS...
01.课程简介【115.多组学eQTL/pQTL 孟德尔随机化、SMR 与共定位分析实战】 7607 4 53:57 App 【疾病】疾病多组学研究—eQTL&TWAS 4100 1 50:39 App 药靶MR:GWAS meta+pqtl(decode,ukb-ppp)+MR+ldsc+coloc+HyPrColoc + FUMA 5047 0 03:48:02 App 3.多组学MR 15.0万 1158 02:56:25 App 正主来...
在数量性状的研究中,GWAS可以帮助我们找到与该性状相关的pqtl。通过比较不同个体的基因型和表型数据,我们可以确定哪些基因位点与数量性状的变异相关。 其次,pqtl的分子机制涉及到基因表达调控。基因表达是指基因转录和翻译过程中的调控,决定了基因产物的数量和种类。研究表明,pqtl可以通过调控基因的表达水平来影响数量性状...
2426 -- 4:17 App 乳酸化基因的eQTL/pQTL分析 1811 1 5:01 App 棕榈酰化基因eQTL_pQTL分析操作 2991 -- 4:46 App 棕榈酰化基因eQTL数据的下载与整理 6141 1 22:19 App 99%的eQTL、pQTL文章都没有研究作用机制,你创新的机会来了! 5956 -- 14:57 App 复现一篇8.7分的cis-pQTL联合单细胞分析SCI论...
一、数据的下载1、结局数据2、eQTL数据3、pQTL数据4、生信分析数据二、数据的整理1、转换SNP ID2、合并、计算需要的效应量3、筛选强相关的SNP4、剔除连锁不平衡5、探针名转换为基因名6、表达数据的标准化处理三、数据分析1、批量eQTL MR分析2、批量pQTL MR分析3、基因表达差异分析4、上述阳性结果取交集四、结果...
我们一般都是利用生信分析、 eQTL/pQTL分析筛选到主角分子再使用实验验证的，从简单到复杂，从表达到功能再到作用机制的验证逻辑。筛选到了主角基因以后，可以补哪些实验呢？表达验证常见的实验：qPCR Western blot(WB)免疫组化（IHC）功能验证常见的实验：细胞实验：细胞增殖（如CCK-8 ）细胞迁移（如划痕实验或 ...
目前99%以上的这种eQTL、pQTL数据挖掘文章或者结合生信分析、共定位、SMR,再或者结合PCR、体内、体外实验都只能得出这样的结论: 1、基因表达上调或者下调(生信数据挖掘或者PCR、WB实验) 2、基因促进或者抑制结局的发生(eQTL、pQTL、SMR、共定位、功能实验,作为药物靶点) ...
在这样的背景下，eQTL和pQTL大数据挖掘筛选作为一种新兴的方法，展现出了其独特的优势。这一方法不仅新颖，而且在近两年内迅速流行起来。与传统方法相比，eQTL和pQTL方法拥有更大量的数据，且更新速度快，能够广泛应用于肿瘤和非肿瘤研究。具体而言，eQTL和pQTL数据的下载与整理是研究的第一步。这一步骤涉及到从公共数据...
07.绘制森林图【英国UKB_PPP数据1923个蛋白(pQTL)孟德尔随机化(生信私学M81)】 1107 0 05:18 App 13.共定位分析(locuscompare包)【药物靶点孟德尔随机化(共定位/eQTL)】 280 0 02:42 App 03.暴露eQTL数据准备【零基础SMR孟德尔随机化课程(M76)】 401 0 09:57 App 110.cis-eQTL暴露数据批量处理,拿来...