pQTL:蛋白质数量性状位点 mQTL:甲基化数量性状位点 sQTL:剪切数量性状位点 共定位分析主要用于确定两个或多个表型(例如,疾病或分子表型)是否由同一区域的同一个因果变异位点驱动。这种分析可以加强两个表型之间的关联证据,帮助我们理解不同表型之间的关系。在生物信息学中,共定位分析通常用于解释全基因组关联研究(GWAS...
UKB-PPP pQTL数据非常不友好，下载下来是不能直接分析的，因为数据按照染色体分开存放的，更惨的就是没有提供rs开头的SNP ID，根本没有办法分析。既然下载好的数据是分开的，又没有SNP ID，想进行数据分析必须进行数据合并和SNP ID转换，这个就麻烦了，因为这些操作需要大量的硬盘空间、强大的CPU、内存，普通电脑根本...
07.绘制森林图【英国UKB_PPP数据1923个蛋白(pQTL)孟德尔随机化(生信私学M81)】 1107 0 05:18 App 13.共定位分析(locuscompare包)【药物靶点孟德尔随机化(共定位/eQTL)】 280 0 02:42 App 03.暴露eQTL数据准备【零基础SMR孟德尔随机化课程(M76)】 401 0 09:57 App 110.cis-eQTL暴露数据批量处理,拿来...
原来的文件压缩包都有900多M，解压出来是2点几G，普通电脑读取近4900多个文件是不太现实的，就过滤数据估计得一个星期左右，配置不够的电脑会直接死机，如果别人过滤好以后就可以直接轻松分析：冰岛pqtl数据挖掘的应用：单纯的MR基本发不了 联合其他pqtl、eqtl、批量共定位数据挖掘 验证可用药基因的结果 作为生信分析...
棕榈酰化基因eQTL_pQTL分析操作生信狂人团队 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多 1473 0 06:07 App 生信分析联合eQTL_pQTL筛选基因申请课题或者开题 2645 0 04:17 App 乳酸化基因的eQTL/pQTL分析 1606 0 06:27 App 棕榈酰化基因SMR分析操作 8545 0 07:33 App 使用棕榈酰化超级热点申请国自然...
单细胞联合eQTL-pQTL分析思路和步骤：1、从GEO数据库上下载单细胞数据 2、数据过滤与标准化处理 3、线性降维与细胞聚类PCA 4、细胞非线性降维t-SNE、UMAP 5、寻找marker基因 6、细胞类型注释 7、特定细胞表达的差异分析 8、差异基因的功能分析 9、差异基因批量eQTL MR分析 10、pQTL验证上述eQTL结果 11、可以考虑...
可以直接使用冰岛pqtl数据分析 现在基础方向基本离不开pqtl分析,无论你是发文章,还是申请课题、开题,都是离不开pqtl数据挖掘的。如果我们的结局数据是芬兰数据,那么直接使用芬兰pqtl数据是不太合适的,因为会涉及到样本重叠的问题,这时候该怎么办呢?可以以直接使用冰岛pqtl数据分析,这样就不用担心样本重叠的...
单细胞联合eQTL-pQTL分析思路和步骤:1、从GEO数据库上下载单细胞数据2、数据过滤与标准化处理3、线性降维与细胞聚类PCA4、细胞非线性降维t-SNE、UMAP5、寻找marker基因6、细胞类型注释7、特定细胞表达的差异分析8、差异基因的功能分析9、差异基因批量eQTL MR分析10、pQTL验证上述eQTL结果11、可以考虑用共定位或者基础...
与从同一穗收获的WT籽粒相比,突变籽粒中的籽粒大小组分(包括KL、KW和KT)均显著降低,其中HKW降低了近50%,证明GRMZM2G000823与籽粒大小变异之间有一定关系,并证明了pQTL分析在鉴定籽粒相关性状的新候选基因方面的可用性。 总之,涉及pQTL的...
eQTL、pQTL大数据挖掘筛选的优势: 1、方法比较新颖(近两年开始流行) 2、数据量大、更新快 3、应用范围广泛(非肿瘤与肿瘤都有丰富的数据 具体筛选流程: eQTL、pQTL数据的下载与整理 eQTL批量MR分析 pQTL批量MR分析 上述阳性结果取交集 补充验证:共定位