基于香气化合物表型数据进行全基因组扫描的分析结果显示,共筛选到19个香气化合物的28个QTL。这些QTL对香气化合物表型变异的解释率为2.11%~39.30%。大部分QTL分布在2、3和5号染色体上。其中,4个与C6醇和醛类相关的QTL位于5号染色体,9个与C9醛类相关的QTL位于3号染色体,6个与C9醇类相关的QTL位于2号染色体。 图2...
##qtl数据联合某个表型的GWAS进行coloc共定位或者是smr孟德尔随机是近期的热点,这里介绍如何用公共数据完成分析。 1.数据获取 1.1eqtl数据 qtl数据获取主要从GTEx数据库,可以得到各种组织的数据。GTEx数据库的速度很慢建议从SMR官网的数据库下载(华人做的)SMR Summary-data-based Mendelian Randomization里面有各种qtl的...
不同人进行 QTL 试验的目的可能存在差异,比如:进化生物学家可能关注 QTL 的数目和效应,而生物医学研究人员可能会更关注 QTL 背后的一个或多个发挥作用的基因。 总体而言,QTL 研究的目的是较为明确的:1)检测 QTL;2)确定 QTL 位置的置信区间;3)评估 QTL 的效应大小。 针对此目的,QTL 分析的一般流程为 1)读取...
1.QTL:Quantitative Trait Loci,概念自己查,说的是基因型和snp位点的关系,多用于单一种群,遗传背景简单的,避免受population structure的影响 2.GWAS,说的也是基因型和snp位点的关系,但是可以用于多种群间,比起qtl,他对于种群遗传背景的要求相对来说简单。
【解析】答:QTL是指数量性状位点,也就是多基因在染色体上的座位。分子标记技术和数量遗传学的发展,使得分子遗传学与数量遗传学相互渗透和融合,借助分子标记,采用适当的统计分析方法明确QTL在染色体上的位置及其效应。而QTL定位的原理是:利用适当的分离群体,构建较高密度的、分布较均匀的、覆盖全基因组的分子标记连锁图...
该方法的基本假定是每条染色体上至多包含一个 QTL、QTL的遗传效应满足加—显性模型, 因此当实际情况不符合此假定时, 例如一条染色体上有 2 个 QTL 时, 若两 QTL 的作用方向相反, 往往检测不到; 若作用方向相同, 在两 QTL 间可能会出现一个“幻影”QTL, 且 QTL 位置的置信 区间较大, 一般在 10~30cM 之间...
SGS轻工产品服务总监（华南区）陈嘉男、慕思集团副总裁盛艳参加授牌仪式。SGS是全球领先的测试、检验和认证机构，是国际公认的质量和诚信基准，在全球范围拥有上千个分支机构及实验室。“QTL认可实验室”是由SGS推出的实验室资质认定，在实施认定检测项目时，SGS将参与认可实验室的产品测试过程，对测试数据的准确性和...
前段时间我们介绍过两个 QTL 相关的数据库分别是 SNP2APA 和 lncRNA-QTL。由于只要是和 SN P有关的的都可以来分析 SNP 对于其他性状的影响。所以就会产生很多类型的QTL。例如eQTL、meQTL、pQTL等等等等。这次就给大家介绍一个检索多种类型QTL调控的数据库: ...
QTL与数量性状基因的区别在于,QTL是通过连锁检验确定位于遗传标记附近的染色体区域。这一区域涉及的DNA实际K度是未知的,可能很长,也可能较短,发现的QTL可能是一个基因,也可能包含多个基因和部分基因外的附加序列。确定的基因效应并不相等。无论怎样它们都是可以确定其位置和效应的基因。而经典遗传学中的数量性状基因,...