QTL定位分析 控制数量性状的基因在基因组中的位置称为数量性状基因座(Quantitative Trait Locus,QTL)。QTL 常用作图方法、软件较多,康普森分析采用QTL IciMapping (Version 4.2) 软件基于完备区间作图法(ICIM)进行QTL定位。针对客户提供的表型数据,统计所有性状鉴定到的QTLs,QTL定位结果示例见报告模板“5.QTL定位分析”,...
LOD值:这个p value的概念略有不同。P value是这个位点不存在QTL的概率。而LOD=log10(L1/L0),其中L1是这个位点有QTL的概率,L0是这个位点无QTL的概率。如果LOD=3,则意味着这个位点有QLT的概率是无QTL的概率的1000倍。 2-LOD置信区间:QTL定位的结果是1个LOD值在染色体上变化的波形图(如下图),QTL区域的LOD...
QTL定位分析 QTL 常用作图方法包括:单标记或单点分析、区间作图(Interval Mapping, 简称IM)、复合区间作图法(Composite Interval Mapping,简称CIM)、完备区间作图方法(Inclusive Composite Interval Mapping, 简称ICIM)等。常用的 QTL 作图软件有QTL Icimapping,Map QTL,Win QTL cartographer,R\qtl 等。常用 LOD(likelih...
【解析】 答:QTI,是指数量性状位点,也就是多基因在染色体上的座位。分子标记技术和数量遗传 学的发展,使得分子遗传学与数量遗传学相互渗透和融合,借助分子标记,采用适当的统计分析 方法明确QT1.在染色体上的位置及其效应。而QT1.定位的原理是:利用适当的分离群体,构 建较高密度的、分布较均匀的、覆盖全基因组的...
该方法的基本假定是每条染色体上至多包含一个 QTL、QTL的遗传效应满足加—显性模型, 因此当实际情况不符合此假定时, 例如一条染色体上有 2 个 QTL 时, 若两 QTL 的作用方向相反, 往往检测不到; 若作用方向相同, 在两 QTL 间可能会出现一个“幻影”QTL, 且 QTL 位置的置信 区间较大, 一般在 10~30cM 之间...
前段时间我们介绍过两个 QTL 相关的数据库分别是 SNP2APA 和 lncRNA-QTL。由于只要是和 SN P有关的的都可以来分析 SNP 对于其他性状的影响。所以就会产生很多类型的QTL。例如eQTL、meQTL、pQTL等等等等。这次就给大家介绍一个检索多种类型QTL调控的数据库: QTLbase(http://...
QTL定位 接下来,我们说说QTL 定位,与GWAS 相比,QTL定位可算历史悠久,已经发展了近一个世纪,是研究数量性状遗传基础的主要手段。 有趣的是,GWAS 实质是利用连锁不平衡定位,而QTL的实质,是确定分子标记与 QTL 之间的连锁关系,基本原理是 QTL 与连锁标记的共分离...
QTL与数量性状基因的区别在于,QTL是通过连锁检验确定位于遗传标记附近的染色体区域。这一区域涉及的DNA实际K度是未知的,可能很长,也可能较短,发现的QTL可能是一个基因,也可能包含多个基因和部分基因外的附加序列。确定的基因效应并不相等。无论怎样它们都是可以确定其位置和效应的基因。而经典遗传学中的数量性状基因,...
QTL定位分析也称QTL作图,借助分子标记,可以在染色体上检测出QTL,并可以确定影响某一数量性状的QTL在染色体上的数目、位置和遗传效应。详细来说就是围绕我们人工构建的作图群体进行基因定位,这样的基因定位就是用作图群体来进行,这样的群体通常来源于双亲杂交,得到一个杂交后代,后代出现性状分离,并且出现各式各样的性状,...