本文用clusterProfiler包KEGG信号通路富集分析,分别用enrichplot、ggplot2、pathview包绘制相关的图(柱状图、点状图、热图、网络图、通路图) 1用DOSE包里的基因list为例 library("DOSE") data(geneList, package = "DOSE") g_list <- names(geneList)[1:100] head(g_list) [1] "4312" "8318" "10874" "5...
p<-ggplot(data, aes(x = surstat, y = gene39)) # x分组变量,y表达变量 p+geom_violin() #画出violin plot p+geom_violin(aes(fill = surstat)) #按组别填充颜色 violin 1.2 修改参数美化图: P<- ggplot(data, aes(x = surstat, y = gene39, fill=surstat)) + rotate_x_text(angle = ...
library(ggplot2)p1<-ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+geom_point(aes(size=`Percent expressed`,color=`Average expression`))+theme_bw()+theme(panel.grid=element_blank(),axis.text.x=element_text(angle=90,hjust=1,vjust=0.5))+scale_color_gradient(low="lightgrey",high="blue")+...
R语言ggplot2包如何安装? ggplot2画箱线图时如何设置颜色? D statistic在箱线图中意义是什么? 首先推荐一个分享R语言干货的优质公众号 R语言统计与绘图 简介:R语言统计与绘图公众号目前致力于分享医学统计与R绘图知识,手把手教你使用R语言绘制基线特征表、KM生存曲线、森林图、ROC曲线等。每天一篇精彩R语言推文教程...
2. RGB取色 3. 主题调色板 1) rainbow() raninbow()即彩虹的颜色,是由“赤、橙、黄、绿、青、蓝、紫”一系列颜色组成的。该函数的用户如下: rainbow(n,s=1,v=1,start=0,end=max(1,n-1)/n,gamma=1); 1. 2. 下面看一个实例: barplot(rep(1,41), ...
ggplot2做qqplot图 转载自http://stats.stackexchange.com/questions/12392/how-to-compare-two-datasets-with-q-q-plot-using-ggplot2感谢csgillespie的答案qqplot是可以直观反应两组数字是否属于同一分布的作图。ggplot2提供了一个qqplot的函数,但这个函数并不能对两组观测的数字进行作图。与此相对的是,R中却有...
在R语言中,可以使用ggplot2包来绘制qq图和boxplot图。 首先,需要安装ggplot2包,并加载该包: install.packages("ggplot2") library(ggplot2) 复制代码 接下来,可以使用ggplot()函数创建一个基础图形对象,并使用geom_qq()函数来绘制qq图: ggplot(data, aes(sample = variable)) + geom_qq() 复制代码 其中,...
ggplot(economics, aes(x=date)) + geom_line(aes(y = psavert), color = "darkred") + geom_line(aes(y = uempmed), color="steelblue", linetype="twodash") + theme_minimal()require(reshape2)df <- melt(economics[, c("date", "psavert", "uempmed")], id="date")ggplot(df,...
10, 9, 1, 1, 5, 6, 2, 8, 6, 5, 2, 5, 4, 10, 10, 2, 2, 4, 9, 6, 9, 9, 6, 10, 9, 10) num_frame <- data.frame(numbers) ggplot(num_frame) + geom_dotplot(aes(numbers), binwidth = 1, dotsize = 0.4) + theme_bw() + xlab("Numbers") + ylab("Frequency")...
ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+ geom_point(aes(size=`Percent expressed`, color=`Average expression`)) 1. 2. 3. image.png 接下来是设置主题的一些内容 包括 去掉灰色背景 调整坐标轴字体方向 去掉坐标轴标题 更改配色 AI检测代码解析 ...