p<-ggplot(data, aes(x = surstat, y = gene39)) # x分组变量,y表达变量 p+geom_violin() #画出violin plot p+geom_violin(aes(fill = surstat)) #按组别填充颜色 violin 1.2 修改参数美化图: P<- ggplot(data, aes(x = surstat, y = gene39, fill=surstat)) + rotate_x_text(angle = ...
小提琴图(Violin Plot)是一种用于展示数据分布和概率密度的图形。它结合了箱线图(Box Plot)和核密度估计(Kernel Density Estimate, KDE)的特点,能够展示数据的分布形状、中位数、四分位数以及异常值等信息。小提琴图在数据可视化中非常有用,特别是在比较不同组别的数据分布时,它能够提供比箱线图更多的细节信息。
比如生信菜鸟团的Violin plot 美化 生信星球的大漂亮版本的单细胞小提琴图 以及生信补给站的scRNA分析| Seurat堆叠小提琴图不满足?那就ggplot2 堆叠 各种元素 小结 这期使用VlnPlot函数的相关参数,绘制堆叠小提琴图,以及对小提琴图进行了分组分半的展示 基于ggplot2在VlnPlot结果的基础上进行调整,如果想提取需要的数据...
通过geom_jitter组合geom_violin可绘制出抖点+小提琴图: ggplot(data2,aes(x=variable,y=value ,fill = variable))+ geom_violin(alpha=0.5,aes(linetype=NA))+ geom_jitter(shape=21,aes(fill=variable),position = position_jitter(width = 0.2))+ xlab("Group")+ylab("Score")+ theme_bw()+theme(...
ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+geom_violin(aes(fill=cell.type),show.legend=F)+theme(panel.grid=element_blank(),panel.background=element_blank(),axis.line=element_line(),axis.text.x=element_text(angle=90,hjust=1,vjust=0.5),plot.title=element_text(hjust=0.5))+labs(x=NULL,...
• Key function: geom_violin()• Alternative function: stat_ydensity()• Key arguments to customize the plot: alpha, color, linetype, size and fill.#基础e+ geom_violin()#旋转e+ geom_violin() + coord_flip()#不修剪小提琴的尾部e+ geom_violin(trim = FALSE, fill = "steelblue")加...
R语言中，ggplot2可以用来绘制直观的小提琴图（violin plot），便于理解数据分布和差异。首先，确保数据中'surstat'列为factor类型，便于分析。1. 单个“两组”图绘制 以gene39为例，可以先尝试默认参数绘制，然后根据需要调整美观，如添加p值。利用ggpubr包可方便地插入p值，并用星号形式表示。 2....
Building a violin plot with ggplot2 is pretty straightforward thanks to the dedicated geom_violin() function. # Library library(ggplot2) # create a dataset data <- data.frame( name=c( rep("A",500), rep("B",500), rep("B",500), rep("C",20), rep('D', 100) ), value=c( ...
绘图使用ggplot函数,依次进行:设置数据文件、初始化坐标轴、绘制小提琴图geom_violin、设置x轴标签显示方式、调整图例摆放位置,然后输入p生成plot。 p <- ggplot(long_table,aes(x=Grp,y=Value)) +geom_violin(aes(fill <- factor(Grp))) +theme(axis.text.x=element_text(angle=45,hjust=1,vjust=1)) +...
之前我们学习了ggplot绘制单变量,两个连续变量的图形,两个离散型变量。对于一个离散型变量,一个连续型变量,有很多作图方式,包括箱图,点图等等 • geom_boxplot() for box plot • geom_violin() for violin …