通过某些方法(如差异基因、相关基因等)获得一批基因后,可以进行功能富集分析(包括GO和KEGG富集分析),以了解这些基因的主要功能和涉及信号通路有哪些。 本文用clusterProfiler包KEGG信号通路富集分析,分别用enrichplot、ggplot2、pathview包绘制相关的图(柱状图、点状图、热图、网络图、通路图) 1用DOSE包里的基因list为例 ...
vplayout <- function(x, y) grid::viewport(layout.pos.row = x,layout.pos.col = y) for (i in 1:numPlots) { curRow = ceiling(i/plotCols) curCol = (i - 1)%%plotCols + 1 print(plots[[i]], vp = vplayout(curRow, curCol)) } } ggplot2.multiplot(p1,p2,cols=2)#画图 #跟随...
R语言 ggplot2包颜色 r语言plot设置颜色 3.1 概述 R语言绘图函数分类 3.2 颜色以及文字/点/线参数的设置 3.2.1 颜色 通过设置col参数,可以改变图像、坐标轴、文字、点、线等的颜色参数。 1. 固有颜色 在设置col参数时,直接填写相关颜色的代表文字便可。例如: plot(c(1:10),type="b",col="black") #设置...
ggplot(sahw, aes(x = ageYear, y = heightIn, colour = weightLb)) + # 散点图函数 geom_point() 1. 2. 3. 4. 运行结果: R语言示例代码(绑定大小)如下: # 基函数:size绑定连续变量 ggplot(sahw, aes(x = ageYear, y = heightIn, size = weightLb)) + # 散点图函数 geom_point() 1. ...
(So how to handle this?)其中一种解决办法是用jitter plot(这个jitter自己也不知道如何翻译)来代替Scatter plot(散点图)ggplot2对应的函数为geom_jitter(),他可以让重叠的点随机分布在原始位置的周围,width参数(argument)控制的应该是点距离原始位置的距离,通过两幅图片可以非常直观的看出差别...
Plot在编程中一般指的是数据可视化的过程,它可以是一个函数或者方法,用于将数据转换为图表、图形或者其他视觉呈现形式。在编程的上下文中,plot通常关联于库或工具包,比如matplotlib、seaborn、plotly在Python编程语言中,或者是ggplot2在R语言。使用plot功能,程序员和数据分析师可以探索数据,检测数据模式、趋势、异常点,并且...
ggplot2做qqplot图 转载自http://stats.stackexchange.com/questions/12392/how-to-compare-two-datasets-with-q-q-plot-using-ggplot2感谢csgillespie的答案qqplot是可以直观反应两组数字是否属于同一分布的作图。ggplot2提供了一个qqplot的函数,但这个函数并不能对两组观测的数字进行作图。与此相对的是,R中却有...
ggplot(economics, aes(x=date)) + geom_line(aes(y = psavert), color = "darkred") + geom_line(aes(y = uempmed), color="steelblue", linetype="twodash") + theme_minimal()require(reshape2)df <- melt(economics[, c("date", "psavert", "uempmed")], id="date")ggplot(df,...
10, 9, 1, 1, 5, 6, 2, 8, 6, 5, 2, 5, 4, 10, 10, 2, 2, 4, 9, 6, 9, 9, 6, 10, 9, 10) num_frame <- data.frame(numbers) ggplot(num_frame) + geom_dotplot(aes(numbers), binwidth = 1, dotsize = 0.4) + theme_bw() + xlab("Numbers") + ylab("Frequency")...
在R语言中,可以使用ggplot2包来绘制qq图和boxplot图。 首先,需要安装ggplot2包,并加载该包: install.packages("ggplot2") library(ggplot2) 复制代码 接下来,可以使用ggplot()函数创建一个基础图形对象,并使用geom_qq()函数来绘制qq图: ggplot(data, aes(sample = variable)) + geom_qq() 复制代码 其中,...