p<-ggplot(data, aes(x = surstat, y = gene39)) # x分组变量,y表达变量 p+geom_violin() #画出violin plot p+geom_violin(aes(fill = surstat)) #按组别填充颜色 violin 1.2 修改参数美化图: P<- ggplot(data, aes(x = surstat, y = gene39, fill=surstat)) + rotate_x_text(angle = ...
小提琴图(Violin Plot)是一种用于展示数据分布和概率密度的图形。它结合了箱线图(Box Plot)和核密度估计(Kernel Density Estimate, KDE)的特点,能够展示数据的分布形状、中位数、四分位数以及异常值等信息。小提琴图在数据可视化中非常有用,特别是在比较不同组别的数据分布时,它能够提供比箱线图更多的细节信息。
# supp通过颜色显示,并设立图例 p+geom_violin(aes(color=supp),trim=FALSE,position=position_dodge(0.9))+# 添加箱式图geom_boxplot(aes(color=supp),width=0.15,position=position_dodge(0.9))+# 自定义配色方案scale_color_manual(values=c("#00AFBB","#E7B800")) 点图 geom_dotplot() stackdir:点...
比如生信菜鸟团的Violin plot 美化 生信星球的大漂亮版本的单细胞小提琴图 以及生信补给站的scRNA分析| Seurat堆叠小提琴图不满足?那就ggplot2 堆叠 各种元素 小结 这期使用VlnPlot函数的相关参数,绘制堆叠小提琴图,以及对小提琴图进行了分组分半的展示 基于ggplot2在VlnPlot结果的基础上进行调整,如果想提取需要的数据...
boxplot,自带四分位信息,最好加上jitter让人看到你的数据点 violin plot,在单细胞里很火,可以直接看到数据的分布,可以叠加boxplot使用 线性拟合回归,lm,我们目前绝对无法handle非线性的回归这些经典分析必须搭配显著性测试,必须在图里显示P-value,或者P-value对应的符号(*、**、***、NS)。目前在ggplot里添加显著...
• Key function: geom_violin()• Alternative function: stat_ydensity()• Key arguments to customize the plot: alpha, color, linetype, size and fill.#基础e+ geom_violin()#旋转e+ geom_violin() + coord_flip()#不修剪小提琴的尾部e+ geom_violin(trim = FALSE, fill = "steelblue")加...
ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+geom_violin(aes(fill=cell.type),show.legend=F)+theme(panel.grid=element_blank(),panel.background=element_blank(),axis.line=element_line(),axis.text.x=element_text(angle=90,hjust=1,vjust=0.5),plot.title=element_text(hjust=0.5))+labs(x=NULL,...
之前我们学习了ggplot绘制单变量,两个连续变量的图形,两个离散型变量。对于一个离散型变量,一个连续型变量,有很多作图方式,包括箱图,点图等等 • geom_boxplot() for box plot • geom_violin() for violin …
R语言中，ggplot2可以用来绘制直观的小提琴图（violin plot），便于理解数据分布和差异。首先，确保数据中'surstat'列为factor类型，便于分析。1. 单个“两组”图绘制 以gene39为例，可以先尝试默认参数绘制，然后根据需要调整美观，如添加p值。利用ggpubr包可方便地插入p值，并用星号形式表示。 2....
通过geom_violin可绘制出小提琴图: ggplot(data2,aes(x=variable,y=value ,fill = variable))+ geom_violin(alpha=0.5,aes(linetype=NA))+ xlab("Group")+ylab("Score")+ theme_bw()+theme(legend.position = "none") 通过geom_jitter组合geom_violin可绘制出抖点+小提琴图: ggplot(data2,aes(x=vari...