p<-ggplot(data, aes(x = surstat, y = gene39)) # x分组变量,y表达变量 p+geom_violin() #画出violin plot p+geom_violin(aes(fill = surstat)) #按组别填充颜色 violin 1.2 修改参数美化图: P<- ggplot(data, aes(x = surstat, y = gene39, fill=surstat)) + rotate_x_text(angle = ...
ggplot_Violin Plot & dot plot sunqi 2020/8/2 概述 小提琴图用于可视化数据的分布及其概率密度。它是箱式图和密度图的组合,密度图通过旋转放置在箱式图侧边,以显示数据的分布形状。小提琴图比箱形图显示更多的信息。主要是数据的分布,可以看出是双峰的还是多峰的 主要函数和参数 geom_violin()主函数 color, ...
小提琴图(Violin Plot)是一种用于展示数据分布状态以及密度特征的图形,它结合了箱线图和密度图的特点。 以下是使用ggplot2画小提琴图的基本步骤: 安装并加载ggplot2包: R install.packages("ggplot2") library(ggplot2) 准备数据: 小提琴图需要的数据通常包括一个分类变量(用于分组)和一个数值变量(用于展示分布...
boxplot,自带四分位信息,最好加上jitter让人看到你的数据点 violin plot,在单细胞里很火,可以直接看到数据的分布,可以叠加boxplot使用 线性拟合回归,lm,我们目前绝对无法handle非线性的回归这些经典分析必须搭配显著性测试,必须在图里显示P-value,或者P-value对应的符号(*、**、***、NS)。目前在ggplot里添加显著...
比如生信菜鸟团的Violin plot 美化 生信星球的大漂亮版本的单细胞小提琴图 以及生信补给站的scRNA分析| Seurat堆叠小提琴图不满足?那就ggplot2 堆叠 各种元素 小结 这期使用VlnPlot函数的相关参数,绘制堆叠小提琴图,以及对小提琴图进行了分组分半的展示 基于ggplot2在VlnPlot结果的基础上进行调整,如果想提取需要的数据...
R语言中使用ggplot2包绘制分组小提琴图(violin plot) 作为一名刚入行的开发者,你可能对R语言中的ggplot2包绘制分组小提琴图感到困惑。不用担心,接下来我将一步步教你如何实现这一功能。 1. 准备工作 首先,确保你的R环境中已经安装了ggplot2包。如果没有安装,可以使用以下命令进行安装: ...
R基础教程可先阅读:R语言编程基础第一篇:语法基础 ggplot2绘制小提琴图 library(ggplot2) library(gplots) library(RColorBrewer) options(StringAsFactors=FALSE) #read in the data file data = read.table('violin_plot.txt', sep="\t", header=T) #take a glance at the data head(data) dim(data)...
• Key function: geom_violin()• Alternative function: stat_ydensity()• Key arguments to customize the plot: alpha, color, linetype, size and fill.#基础e+ geom_violin()#旋转e+ geom_violin() + coord_flip()#不修剪小提琴的尾部e+ geom_violin(trim = FALSE, fill = "steelblue")加...
之前我们学习了ggplot绘制单变量,两个连续变量的图形,两个离散型变量。对于一个离散型变量,一个连续型变量,有很多作图方式,包括箱图,点图等等 • geom_boxplot() for box plot • geom_violin() for violin …
ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+geom_violin(aes(fill=cell.type),show.legend=F)+theme(panel.grid=element_blank(),panel.background=element_blank(),axis.line=element_line(),axis.text.x=element_text(angle=90,hjust=1,vjust=0.5),plot.title=element_text(hjust=0.5))+labs(x=NULL,...