参考文献 Wang, Z., Xie, L., Ding, G. et al. Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from acute Kawasakidisease patients.Nat Commun12, 5444 (2021). https: //http://doi.org/10.1038/s41467-021-25771-533972311....
参考文献 [1] Jovic, Dragomirka et al. “Single-cell RNA sequencing technologies and applications: A brief overview.” Clinical and translational medicine vol. 12,3 (2022): e694. doi:10.1002/ctm2.694 [2] Geirsdottir, Laufey et al. “Cross-Species Single-Cell Analysis Reveals Divergence of ...
在进行染色质数据的预处理过程中,Signac 利用了两个相关输入文件的信息,这两个文件都可以通过 CellRanger 软件生成: 峰值/细胞矩阵。这与用于分析单细胞 RNA-seq 技术的基因表达计数矩阵相似。不同之处在于,矩阵中的每一行不是代表一个基因,而是代表基因组中的一个特定区域(称为峰值),这个区域被预测为开放染色质...
Exploring T2DM biomarkers via single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) could provide new insights into the underlying molecular mechanisms. Methods: The clinical trial registration number is ChiCTR2100049613. In this study, we included three healthy participants and three T2DM patients. Th...
在进行染色质数据的预处理过程中,Signac 利用了两个相关输入文件的信息,这两个文件都可以通过 CellRanger 软件生成: 峰值/细胞矩阵。这与用于分析单细胞 RNA-seq 技术的基因表达计数矩阵相似。不同之处在于,矩阵中的每一行不是代表一个基因,而是代表基因组中的一个特定区域(称为峰值),这个区域被预测为开放染色质...
Clustering metrics for single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) of peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) are used to assess the quality and reliability of the clustering results. These metrics help in evaluating the performance of different clustering algorithms and parameter settings. One commonly...
在进行染色质数据的预处理过程中,Signac 利用了两个相关输入文件的信息,这两个文件都可以通过 CellRanger 软件生成: 峰值/细胞矩阵。这与用于分析单细胞 RNA-seq 技术的基因表达计数矩阵相似。不同之处在于,矩阵中的每一行不是代表一个基因,而是代表基因组中的一个特定区域(称为峰值),这个区域被预测为开放染色质...
在单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析中,我们经常会用到Seurat包和SingleR包。Seurat包主要用于质量控制、分析和探索单细胞数据;它可以鉴定和解释来自单细胞转录本测定的异质性来源,并可以整合成多种类型的单细胞数据;它的的功能包括数据导入、数据过滤、数据归一化、特征选择、数据缩放、数据降维、聚类、数据可视化以及差...
在单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析中,我们经常会用到Seurat包和SingleR包。Seurat包主要用于质量控制、分析和探索单细胞数据;它可以鉴定和解释来自单细胞转录本测定的异质性来源,并可以整合成多种类型的单细胞数据;它的的功能包括数据导入、数据过滤、数据归一化、特征选择、数据缩放、数据降维、聚类、数据可视化以及差...
现在,我们能够对单细胞ATAC-seq实验进行一系列质量控制指标的计算。我们推荐以下几种指标来评估您的数据是否达到标准。与单细胞RNA测序技术类似,这些指标的理想数值范围会根据您的生物样本、细胞的生存状态以及其他一些因素而有所不同。 核小体条带模式:通过配对末端测序得到的DNA片段大小分布图应该清晰显示出核小体条带...