PacBio全长16S rRNA基因测序采用27F、1492R引物扩增全长片段(覆盖V1-V9区),采用PacBio SMRT测序平台CCS(Circular Consensus Sequencing)模式进行测序分析。PacBio SMRT测序具有许多明显优势: 长读长,二代测序读长只能达到几百bp,而PacBio测序读长可达几十甚至上百kb。对于长度约为 1542bp 的16S rRNA基因,二代测序...
PacBio全长16S rRNA基因测序采用27F、1492R引物扩增全长片段(覆盖V1-V9区),采用PacBio SMRT测序平台CCS(Circular Consensus Sequencing)模式进行测序分析。PacBio SMRT测序具有许多明显优势: 长读长,二代测序读长只能达到几百bp,而PacBio测序读长可达几十甚至上百kb。对于长度约为 1542bp 的16S rRNA基因,二代测序...
受Sanger和NGS各自的测序劣势限制,同时兼具长读长和高通量优势的三代单分子测序技术应运而生,下面小编总结了三代Pacbio测序平台在16S全长研究应用中的几点优势: 1、高准确率:16S全长在Pacbio测序中选用CCS(circular consensus sequencing)模式,产生的reads通过CCS算法需要至少三轮读取,准确率在0.99以上。 2、更准确的...
Pacbio测序的HIFI READS: HiFi reads是使用PacBio Sequel系统之一上的circular consensus sequencing(CCS)模式生成的一种数据。高保真reads准确度大于99.9%。 图1 Pacbio三代全长16S文库构建流程图 Pacbio三代全长16S测序与16S单区(V3—V4区,V4区)测序,两者比较结果如下: 2. Revio平台三代全长16S产品优势 1) ...
测序方法:全长16S rRNA基因测序+宏基因组 测序平台:PacBio 摘要 粘土层是促进砷在含水层中富集的来源。然而,目前对粘土层中的微生物过程及其在底层含水层中砷转移中的作用知之甚少。本研究利用全长16S rRNA高通量测序和宏基因组学技术,对内蒙古河套盆地粘土和砂层沉积钻孔中的微生物组成和功能潜力进行了研究。结果...
[2] Okazaki Y, Fujinaga S, Salcher MM, Callieri C, Tanaka A, Kohzu A, Oyagi H, Tamaki H, Nakano SI. Microdiversity and phylogeographic diversification of bacterioplankton in pelagic freshwater systems revealed through long-read amplicon sequencing. Microbiome. 2021 Jan 22;9(1):24. ...
图1. 细菌16S rRNA基因结构图 PacBio全长16S rRNA基因测序 PacBio全长16S rRNA基因测序采用27F、1492R引物扩增全长片段(覆盖V1-V9区),采用PacBio SMRT测序平台CCS(Circular Consensus Sequencing)模式进行测序分析。PacBio SMRT测序具有许多明显优...
通过CCS(Circular Consensus Sequencing)测序模式,PhyloTags序列准确度达到99%;以97%相似性进行OTU分析得到22个OTU(有一个物种含量很低,PhyloTags和V4 iTags中均未得到),与PacBio shotgun(作为参照标准)结果具有很强的相关性(如图1a)。质量最好的PhyloTag与对应16S rDNA参考序列基因相似度达到99.5%。此外,5个Phylo...
三代微生物多样性是基于 PacBio 测序平台,利用单分子实时测序(SMRT Cell)的方法对 marker 基因进行测序,之后通过对 CCS(Circular Consensus Sequencing)序列过滤,得到 Optimization-CCS 进行 OTUs(Operational Taxonomic Units)聚类,并进行物种注释及丰度分析,可以揭示样品的物种构成;进一步进行α多样性分析(Alpha Diversity...
The aim of our study was to validate PacBio P6 sequencing chemistry using three approaches: 1) sequencing the full-length bacterial 16S聽rRNA gene from a single bacterial speciesStaphylococcus aureusto analyze error modes and to optimize the bioinformatics pipeline; 2) sequencing the full-length ...