一、技术原理 PacBio HiFi测序基于单分子实时测序(SMRT)平台,利用环状一致性序列(CCS)技术。在测序过程中,DNA分子被形成环状,通过聚合酶在ZMW(Zero-Mode Waveguide)孔中进行多次测序,生成高质量的共识序列,从而显著提高测序准确性。 二、技术特点 长读长:PacBio HiFi测序的读长可达到15-25kb以上,甚至更长,相比传统...
HiFi Reads全称High fidelity reads, 是PacBio公司基于Sequel II平台产出的兼具长读长和高准确度的测序序列，该测序模式（CCS测序模式）一经问世，备受广大组学科研用户关注——其超长读长完美规避了二代测序short reads的天生不足，高准确度也远超之前的Sequel I平台CLR模式的，非常有助于组学研究者进一步优化数据结...
HiFi Reads全称High fidelity reads,是PacBio公司基于Sequel II平台产出的兼具长读长和高准确度的测序序列,该测序模式(CCS测序模式)一经问世,备受广大组学科研用户关注——其超长读长完美规避了二代测序short …
一般采用 CCS(Circular Consensus Sequencing)模式测序。 hifi reads 原理图 在这种测序模式下,酶读长一般大于插入片段长度,因此酶会绕着模板进行滚环测序,插入片段会被多次测序。单次测序中造成的随机测序错误,可以通过算法进行自我纠错校正,最终得到高准确度的 HiFi reads。要在单次测序中得到更多的 HiFi reads 往往...
因此,我们探索了单分子 CpG 甲基化态关联,并开发了一种基于深度学习的新方法,称为 hifimeth。Hifimeth 首次利用短程(short range)(< 250 bp) CpG 甲基化状态相关性来改善基于 CCS 的单分子水平 5mC 检出。在天然人类和斑马鱼 CCS 数据上,hifimeth 的平均准确度为 94.7%,平均 F1 评分为 94.2%,比之前最先进...
图1 Pacbio平台的CLR 和 CCS 两种测序模式。 CLR (StandardSequencing for Continuous Long Reads),称为超长测序模式,产生的数据是基于单循环测序的结果。CCS (Circular Consensus Sequencing) 会进行多次循环测序,可通过算法将得到的结果互相校正,减少测序...
测序时,DNA聚合酶在样品DNA分子的环状结构周围工作多次,类似于赛车在环形赛道上重复绕圈。由于聚合酶在ZMW孔中产生了DNA分子的多个副本,因此PacBio长读长测序系统可以通过交叉参照每个分子的副本来确定样品DNA的正确序列,从而提高准确性。...
HiFi reads是PacBio于2019年推出的基于CCS模式产生的测序结果，它既具有长读长（10-20kb）又具有高精度（>99%准确率）。在CCS测序模式下，聚合酶会绕着模板进行滚环测序，插入片段会被多次测序，通过一系列Subreads进行自我打磨和算法纠错，最终得到高准确度的HiFi reads。二、SMRTbell文库的构建流程简述 ...
而PacBio HiFi测序凭借无偏好性的特点,应该更多的用于发现原核生物的多样性并产生更可靠和更丰富的MAG(metagenome-assembled genomes)信息。 部分数据展示 贝加尔湖PacBio宏基因组研究 作者使用 PacBio CCS 对夏季收集的深水样本(1600米)进行长读长宏基因组(LAGs)测序,以补充以前在夏季和冬季在1250和1350米深的...
HiFi测序，作为兼顾长读长与高精度的新型测序技术，正在革新基因组学研究。百迈客最近公布了一项PacBio SequelⅡ平台HiFi测序的最新成果。它通过环化共有序列（CCS）技术，生成10-20kb长度且准确率超过99%的测序结果，从而提供了基因组完整图片的可能。HiFi测序的核心是高精度的CCS模式，酶读长远大于插入...