进一步使用ALLHiC算法进行等位基因定义的基因组组装,组装1.52Gb木薯基因组,构建了18对同源染色体高质量单体型基因组图谱,鉴定了24128个双等位基因(Bialleles)。并通过Hi-C信号、同源染色体间共线性比对、遗传图谱比对、二代/三代Reads回比、同源对BUSCO评估、双等位基因鉴定等方式对本次单倍型基因组进行验证。 图1 木薯...
研究人员使用PacBio HiFi读取、Oxford Nanopore Technology超长读取、Bionano Genomics光学图谱和Hi-C数据构建了二倍体参考基因组,并展示了基于最优组装方式而观察到的新生物学发现:在给定的细胞中,有一半的遗传多样性可以在着丝粒中找到。...
前言:埃及山羊草是麦类作物小麦的一个野生近缘种,其基因组序列信息对小麦的遗传改良具有重要意义。 背景:作者团队此前已经利用PacBio长读组技术对埃及山羊草样品TA1851进行了初步分析,但得到的还是断裂程度较高的编组水平组装结果。为了获得连续程度更高的基因组组装,作者决定采用最新技术构建埃及山羊草的染色体水平参考...
视频加载失败,可以 刷新 试试 00:00/00:00 评论 还没有人评论过,快来抢首评 发布 重磅项目文章丨PacBio+Hi-C,挖掘油菜“好基因” 上海凌恩生物 发布于:陕西省 2024.03.01 11:53 分享到 重磅项目文章丨PacBio+Hi-C,挖掘油菜“好基因” 推荐视频 已经到底了 热门视频 已经到底了 ...
该实验室研究团队利用Pacbio测序技术结合Hi-C技术成功绘制了柄海鞘染色体水平的基因组精细图谱,获得柄海鞘基因组大小为340Mb,组装出与染色体数目对应的16条连锁群,编码17428个基因。通过比较分析发现,柄海鞘具有与其他已测序海鞘接近的基因数目,但转座子类型差异显著。
深度校准</:利用DeepConsensus软件，我们精心校正了PacBio HiFi长读组，提升数据的准确性和连贯性。比对与优化</:通过hifiasm和LJA软件的比较，我们发现读组质量和长度直接决定着组装的完整性。校正后，hifiasm的N50值从11.1Mb提升至14Mb，LJA的N90值从4.5Mb跃升至5.2Mb。三维融合</:我们整合Omni-C...
一种基于三代PacBio和Hi‑C技术组装和注释湖羊基因组的方法,其特征在于,所述 的方法包括如下步骤: (1)采集湖羊基因组片段:分别从血液和组织提取湖羊的DNA和RNA; (2)构建基因组文库和转录组文库:针对步骤(1)提取得到的DNA片段分别构建二代DNA 文库、三代DNA文库和Hi‑C文库,获得湖羊基因组文库;针对步骤(1)...
研究人员使用PacBio HiFi读取、Oxford Nanopore Technology超长读取、Bionano Genomics光学图谱和Hi-C数据构建了二倍体参考基因组,并展示了基于最优组装方式而观察到的新生物学发现:在给定的细胞中,有一半的遗传多样性可以在着丝粒中找到。 洛克菲勒大学研究员Erich Jarvis表示:“我们组装了迄今为止最完整的二倍体基因组...
采购商品:茶树PacBio测序及Hi-C测序 采购数量:1 计量单位:项 所属分类:技术测试和分析服务 品牌: 型号: 预算单价:￥ 48000.0 技术参数及配置要求:1、基于PacBio Revio测序技术平台HIFI测序模式,构建三代测序基因组文库,测序并进行数据质控。质量指标:测序2个cell,单cell HIFI数据产出量在100G以上。 2、基于illumi...
PacBio and Hi-C Based Proximity-Guided Assembly of Amaranth Pseudo ChromosomesMaughan, Peter J