研究人员使用PacBio HiFi读取、Oxford Nanopore Technology超长读取、Bionano Genomics光学图谱和Hi-C数据构建了二倍体参考基因组,并展示了基于最优组装方式而观察到的新生物学发现:在给定的细胞中,有一半的遗传多样性可以在着丝粒中找到。...
研究人员使用PacBio HiFi读取、Oxford Nanopore Technology超长读取、Bionano Genomics光学图谱和Hi-C数据构建了二倍体参考基因组,并展示了基于最优组装方式而观察到的新生物学发现:在给定的细胞中,有一半的遗传多样性可以在着丝粒中找到。 洛克菲勒大学研究员Erich Jarvis表示:“我们组装了迄今为止最完整的二倍体基因组...
研究人员使用PacBio HiFi读取、Oxford Nanopore Technology超长读取、Bionano Genomics光学图谱和Hi-C数据构建了二倍体参考基因组,并展示了基于最优组装方式而观察到的新生物学发现:在给定的细胞中,有一半的遗传多样性可以在着丝粒中找到。 洛克菲勒大学研究员Erich Jarvis表示:“我们组装了迄今为止最完整的二倍体基因组...
拥有Illumina、MGI、PacBio、Nanopore、AB SCIEX、Waters、BMK Manu、10X等二代测序、三代测序和质谱检测平台,自主创新的百灵实验室全自动生产线、BMKCloud多组学大数据智能交付平台及亚细胞级S系列空间组学产品,为全球科研单位、育种机构、医药公司等提供高品质基因多组学服务和产品。
同时通过PacBio和Nanopore双平台测序数据组装结果的比较发现,利用PacBio数据进行基因组组装Contig N50一般达到Mb级别,而利用Nanopore数据进行基因组组装,Contig N50指标平均水平基本能再提升2倍或者更高,甚至许多物种能达到几十Mb (如百迈客利用Nanopore测序平台组装的水产动物绿鳍马面鲀基因组,Contig N50高达22 Mb)。
同时通过PacBio和Nanopore双平台测序数据组装结果的比较发现,利用PacBio数据进行基因组组装Contig N50一般达到Mb级别,而利用Nanopore数据进行基因组组装,Contig N50指标平均水平基本能再提升2倍或者更高,甚至许多物种能达到几十Mb (如百迈客利用Nanopore测序平台组装的水产动物绿鳍马面鲀基因组,Contig N50高达22 Mb)。
中国水产科学研究院黄海水产研究所陈四清研究员团队与北京百迈客生物科技有限公司合作完成了首个超高质量的绿鳍马面鲀基因组,本次研究基于纳米孔测序技术(Nanopore)和染色体构象捕获技术(Hi-C)完成的基因组仅包含242个Contigs,Contig N50高达22.46 Mb,并将99.44%序列挂载到20条染色体上,实现了海洋鱼类基因组组装质量质...
引言PlotHiC是一个专为 Hi-C 数据可视化分析而设计的 Python 包。Hi-C 技术是一种能够检测染色体三维结构的实验方法,它能揭示 DNA 在细胞核内的三维组织结构。为了更好地展示和解… 技术服务 | ONT-gDNA自适应采样测序研究肿瘤中Panel基因突变和结构变异 ...
长读长测序技术(Long-Read Sequencing,LRS)可以产生长度≥10kb的连续序列。Pacific Biosciences(PacBio)和Oxford Nanopore Technologies(ONT)是两家主要的长读长测序技术公司。2019年,PacBio推出了长度为10-20 kb的高保真度(HiFi)读取,错误率低于0.5%。目前,HiFi测序数据是高质量组装和T2T组装的核心数据类型。
希望研究人员在PacBio、Nanopore、10×Genomics等平台的助力下尽快掌握蚊虫遗传控制的机理,拯救那些受疟疾、登革热、寨卡病毒困扰的人们于水生火热之中,造福人类! 参考文献 [1] The Genome Sequence of the Malaria Mosquito Anopheles gambiae[J]. Science, 298....