从PacBio官网公布的测试结果看（如下表），相比于二代测序平台及三代ONT平台，PacBio HiFi Reads进行全基因组范围内的变异检测的准确性更高，对SNV精确度和检出率可达99.9%，对插入缺失的精确度和检出率可达99.4%。（详见In precisionFDA Challenge, PacBio HiFi Reads Outperform Both ShortReads and Noisy Long...
Pacbio (PB)和Nanopore (ONT)平台提供的长读长(Long-read)测序技术推进了基因组学研究。与短读长(Short-read)数据相比,PB平台CCS模式产生的HiFi数据在改进基因分型的基础上加深了人们对于结构变异(Structural variation, SV)的起源机制、进化史、疾病关联的了解[1]。然而,PacBio (Sequel IIe/Revio)的高DNA建库起...
PacBio HiFi测序技术仍然是基因组学专业人员在发现前沿工作的首选工具,使他们能够在生物学的不同领域寻求新的探索途径。 在这一期的PacBio博客系列中,重点介绍了2024年2月的科学论文。这些有趣的出版物突出了PacBio测序在揭示罕见疾病、癌症转录组学、农业基因组学等复杂性方面的力量。 癌症转录组:全长同种异构体串...
这些出版物突出了PacBio测序的卓越能力。从优于传统方法的Onso系统到为进化研究设定新标准的HiFi测序,PacBio技术使研究人员每天都能做出新的突破性发现。了解如何加入下一个发现时代,并了解如何将PacBio数据纳入您的下一个项目: 与PacBio的科学家联系
一、何为 HiFi测序 HiFi reads(High Fidelity reads)是2019年由PacBio推出的基于环化共有序列(Circular Consensus Sequencing,CCS)模式产生的既兼顾长读长(10-20kb的长度)又具有高精度(>99%准确率)的测序结果。 在CCS测序模式下(图1),酶读长远大于插入片段长度,聚合酶会绕着模板进行滚环测序,插入片段会被多次测序...
然而,为了确保PacBio HiFi测序结果的准确性和可靠性,需要建立严格的质控标准,以保证测序数据的高质量和可靠性。 一、 测序样本质控 1. 样本DNA纯度 在进行PacBio HiFi测序之前,首先要对样本DNA进行质控。样本DNA的纯度对测序结果影响极大,在质控时需要检测DNA的纯度和浓度,确保DNA的质量符合要求。 2. DNA片段长度 ...
6.14 甲基化频率定量模块Hifimeth 6.15 单分子水平性能评估 6.16 具有不同概率阈值的评估 6.17 甲基化频率量化的评估 6.18 等位基因差异甲基化区域 6.19 基于甲基化的读长聚类 七、Data availability 一、基本信息 1、论文标题:High accuracy methylation identification tools on single molecular level for PacBio HiFi...
三代PacBio测序可分为: (1)HiFi(High fidelity reads)模式 -- 较新 (2)CLR(continuous long-read)模式 -- 旧 一、组装 本次组装主要使用 hifiasm,一款专门用于拼接 pacbio hifi 数据的软件 软件链接:https://github.com/chhylp123/hifiasm 组装脚本: ...
高光坪教授团队利用 PacBio SMRT 测序成功地对 rAAV 载体的基因组进行了全长单分子测序,并开创了 AAV-GPseq 测序,观察到了很多之前由于技术限制无法观察到的 rAAV 载体基因组的详细情况,例如对载体基因组异质性的全面评估、观察到质粒...
一、何为 HiFi测序 HiFi reads(High Fidelity reads)是2019年由PacBio推出的基于环化共有序列(Circular Consensus Sequencing,CCS)模式产生的既兼顾长读长(10-20kb的长度)又具有高精度(>99%准确率)的测序结果。 在CCS测序模式下(图1),酶读长远大于插入片段长度,聚合酶会绕着模板进行滚环测序,插入片段会被多次测序...