007、 链接:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/ 。 nt为核酸数据库,nr为蛋白质数据库 008、使用命令行下载 a、 [root@PC1 test02]#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz[root@PC1 test02]#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz b...
wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt* wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nr* 序列比对 blastp:蛋白序列与蛋白库作比对,直接比对蛋白序列的同源性。 blastx:核酸序列与蛋白库作比对,将核酸序列先翻译成蛋白序列,再将其与蛋白库作比对。 -blastn:核酸序列与核酸库的比对,直接...
BLAST比对结果通常包括与查询序列最佳匹配的序列,以及相关的注释信息。 NR注释通常包括以下内容: 1.物种信息:与查询序列最佳匹配的序列属于哪个物种。这有助于确定查询序列在生物分类上的位置。 2.相似性信息:查询序列与NR数据库中的序列之间的相似性程度。BLAST使用E值(Expected value)来量化相似性,E值越小,说明...
blast 或diamond建库即可 如果是想提取特定物种(比如植物)下的所有NR序列,那么可以按照http://bioinf.shenwei.me/taxonkit/tutorial/的方法,主要的也是利用blast+的blastdbcmd工具: blastdbcmd -db nr -entry all -outfmt "%a\t%T" |csvtk -t grep -f 2 -P plant.taxid.acc.txt |csvtk -t cut -f 1...
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windows平台本地化blast2.8.0(构建NR本地数据库,批量生成pssm打分矩阵),程序员大本营,技术文章内容聚合第一站。
blast db:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db README:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/README 通过查看README,我们知道nt和nr库的内容:nr是蛋白库(非冗余的),nt是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载blast数据库。
blast db:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db README:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/README 通过查看 README,我们知道 nt 和 nr 库的内容:nr 是蛋白库(非冗余的),nt 是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast 库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载 blast数据库。
基因注释时,常常需要用blast比对一些大型数据库,例如NT、NR、TrEMBL等。这些数据库中的序列数目非常多,且包罗万象。于是,考虑根据先验信息,blast注释的时候,从这群数据库当中只选择特定物种的蛋白或核酸序列,即提高效率,又增加注释精度。 前期数据调研 无论NCBI的数据库和TrEMBL数据库,都提供了序列物种信息,而且物种...
分离NR NT库,快速blast本地比对同源注释基因 我们需要对自己的基因做注释,需要blast同源比对NCBI当中的NR NT库;通常做无参转录组,会组织出10几万的unigene ,如果比对全库的话,就太浪费时间了,我们可以根据NCBI的分类数据库将数据库分开,可下载如下文件,然后利用下面的perl脚本就可以把NR或者NT库分开成小库: ...