NR数据库包含了从各种生物样本中测序得到的公开序列,这些样本包括细菌、古菌、真核生物和非编码RNA等。BLAST比对结果通常包括与查询序列最佳匹配的序列,以及相关的注释信息。 NR注释通常包括以下内容: 1.物种信息:与查询序列最佳匹配的序列属于哪个物种。这有助于确定查询序列在生物分类上的位置。 2.相似性信息:查询...
blastdbcmd -db /mnt/nas2/database/ncbi/Nr/nr_Bacteria -entry all -dbtype prot -out nr_Bacteria.fa blastdbcmd -db /mnt/nas2/database/ncbi/Nr/nr_Fungi -entry all -dbtype prot -out nr_Fungi.fa blastdbcmd -db /mnt/nas2/database/ncbi/Nr/nr_Metazoa -entry all -dbtype prot -out...
转录组中的NT和NR注释都是同源基因注释，即用自己基因的序列去NR或者NT数据库中的基因序列进行blast同源...
一、背景说明 Blast2GO官方提供的在线版本,第一速度非常慢,第二不利于我们提交后台进行大规模地对各种物种进行GO注释,因此公布自己实际操作过的搭建本地化Blast2GO流程,尽量让更多的师弟师妹们少走弯路。 二、主要功能: 1. 将序列比对到NCBI的Nr数据库,得到Nr注释 2. 对核酸或蛋白质序列进行InterPro注释 3. 在...
以nr库为例，您可以从NCBI的FTP服务器上下载所需的数据库文件。下载地址为：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/。在下载时，您可能会遇到多个文件，这些文件包含了不同的序列信息和注释。为了更好地理解这些文件的内容和用途，您可以查阅NCBI提供的数据库文档，地址为：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast...
我们需要对自己的基因做注释,需要blast同源比对NCBI当中的NR NT库;通常做无参转录组,会组织出10几万的unigene ,如果比对全库的话,就太浪费时间了,我们可以根据NCBI的分类数据库将数据库分开,可下载如下文件,然后利用下面的perl脚本就可以把NR或者NT库分开成小库: ...
基因注释时,常常需要用blast比对一些大型数据库,例如NT、NR、TrEMBL等。这些数据库中的序列数目非常多,且包罗万象。于是,考虑根据先验信息,blast注释的时候,从这群数据库当中只选择特定物种的蛋白或核酸序列,即提高效率,又增加注释精度。 前期数据调研 无论NCBI的数据库和TrEMBL数据库,都提供了序列物种信息,而且物种...
Blastn包括基础数据库nr(nonredundant nucleotide),Refseq(rna,gene,genomes等),以及包含各种contigs,tags数据库等,选择界面如下图所示。 rRNA/ITS数据库包含16s核糖体RNA序列(细菌和古细菌),以及18s,28s核糖体和内转录间隔区的真菌。 BLAST图标下可以自定义算法的参数,如下图所示:可以设置BLAST搜索的数据库返回的最...
2. 数据库准备:在使用Blast之前,需要准备好要比对的数据库。NCBI提供了一系列公共数据库供用户下载和使用,例如NT(核酸序列数据库)和NR(蛋白质序列数据库)。用户也可以自行构建自己的数据库,以适应特定的研究需求。 3. 基本用法:Blast命令的基本语法如下: ...