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1.2 choose search set (选择搜索数据库) 一般选择nr/nt数据库 organism:选择物种 1.3 program selection(筛选程序选择) 2. algorithm parameter (算法参数) 2.1 general parameters(基本参数) Max target sequence(显示条目):默认100,可以修改 Short queries(短查询序列):修改此数值会影响期望值和字段长度 Expected t...
一、物种鉴定 当拿到一条未知序列时,可以直接与 ncbi nt 库或者 nr 库进行 blast 比对,鉴定未知序列。...这里我们看到,已知功能基因数据的准确性非常重要,否则未知基因功能就会被定义错误,如果这个错误累积起来,将会越累积越多。目前的基因功能注释主要都是采用这种方式。...将两个基...
NCBI推出blastp加速服务(Accelerated protein-protein BLAST) 很多时候会用到NCBI在线blastp的nr库,随着nr库越来越大,速度也越来越慢。这不在今年5月份的时候推出了blastp加速工具。使用非常简单,blastp页面中在Program Selection一项中选择Quick BLASTP(见下图)。现在已经是默认选项。... ...
BLASTP检索步骤1.1 输入查询序列，可自定义序列范围，默认全部。1.2 选择搜索数据库，一般选择nr/nt，可根据需要选择特定物种。1.3 筛选程序选择，如期望值、单词长度等参数进行设定。2. 算法参数： - 基本参数如最大显示条目、短查询序列影响期望值和范围长度。 - 得分参数包括矩阵选择（如...
2. 数据库:blastp的第二个参数是要比对的数据库,可以是本地数据库或在线数据库。常用的数据库有NCBI nr(非冗余蛋白质数据库)、Swiss-Prot(蛋白质知识库)等。选择合适的数据库可以提高比对的准确性和速度。 3. 比对算法:blastp的默认比对算法是BLOSUM62,也可以选择其他的比对算法。不同的比对算法适用于不同类型...
使用blastp的首要步骤是准备待比对的查询序列和目标数据库。查询序列可以是新鉴定的或已知的蛋白质序列,目标数据库则是包含已知蛋白质序列的数据库,如NCBI的nr数据库或UniProt数据库等。 在进行比对之前,需要对查询序列和目标数据库进行预处理。对于查询序列,可以通过使用工具如NCBI的CD-Search或蛋白质序列分析软件进行...
说到blast的最吸引人魅力,那绝非官方设计的NR卡人设莫属。如今blast已经运营一年,初期规划的NR卡(共96张), +3 分享841 cs赛事吧 赛事吧赛后打分 Blast秋季 Vitality 2:0 COL 打分贴 分享6273 xposed模块汉化吧 wo放纵自由 XBlast模块主要功能:更改设置背景,字体颜色,二级字体颜色,瓷块透明,通知背景,快捷栏,...
honeybee,Arabidopsis,和rice。Nr数据库覆盖NCBI所有的物种。 实例分析 用人尿嘧啶DNA糖基化酶(uracil-DNAglycosylasegenes,UNG,GeneID:7374) 的两个转录本序列作为一个例子来分析。UNG1的序列长一点(NM_003362),UNG2 ...
Nr数据库覆盖NCBI所有的物种。 实例分析 用人尿嘧啶DNA糖基化酶(uracil-DNAglycosylasegenes,UNG,GeneID:7374) 的两个转录本序列作为一个例子来分析。UNG1的序列长一点(NM_003362),UNG2 的序列短一点(NM_080911,注:拿这两个基因的序列ClustalW...