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追溯NR数据库比对结果在assembly里的存在情况 使用blastp检索蛋白的相似性结果,NR数据库不能直接显示蛋白质在基因组中的存在情况。不能追溯蛋白质的物种来源。因此可以检索Identical Protein Group数据库查看蛋白在基因组上的存在情况。 blastp against NR 数据库: Identical Protein Groups 页面: 可以根据Identical Protei...
使用diamond (https://github.com/bbuchfink/diamond) [1] 软件的blastp命令将unigenes的蛋白序列比对到NR库，E值1e-5，挑选得分最高的hit作为最终注释结果。使用方法如下：NR数据库序列地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/可使用wget 命令下载：wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/...
NCBI的NR数据库是一种非冗余蛋白质序列数据库,由美国国家生物技术信息中心(NCBI)维护、包含了所有已知物种的蛋白质序列、去除了完全相同的蛋白质序列,只保留一份、适用于大规模基因组或蛋白质组的注释和分析。这种数据库的主要特点是能够大幅减少冗余信息,提高数据处理效率。 要深入理解NR数据库,首先需要了解它的来源...
通过用NCBI的blastp程序对nr数据库与IPI数据库中属于人类的蛋白质序列进行比较,论证了nr数据库整合到蛋白质注释系统中的必要性。并在此基础上,设计方案实现了nr数据库的本地化,对nr数据库的记录进行了统计分析,提供了数据库的内部访问,为蛋白质注释系统整合nr数据库做好了第一步工作。参考...
blastp 我们拿上面Option2得到的文件去进行比对,命令行如下: blastp -query NR100pro.fasta -db /home/pub_guest/db/nr/nr_bac -out D1_nr.out -outfmt "6 qseqid qgi qacc qaccver qlen sseqid qseq sseq evalue score length pident staxids sscinames salltitles " -num_threads 16 -evalue 1...
blastn -num_threads32-max_target_seqs10-evalue 1e-05-db /xxx/nt -outfmt"7 qseqid sseqid evalue pident ppos length mismatch gapopen qstart qend sstart send bitscore staxid sscinames stitle"-query ./xxx.fa -out./xxx.blastn.out ...
第二步:下载blast/diamond 第二步就是比对软件的准备,可以用blast也可以用diamond,diamond的速度会快一些 blast软件下载链接:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ #blast比对NR数据库(非冗余蛋白库) #法1 conda install blast ...
我们需要对自己的基因做注释,需要blast同源比对NCBI当中的NR NT库;通常做无参转录组,会组织出10几万的unigene ,如果比对全库的话,就太浪费时间了,我们可以根据NCBI的分类数据库将数据库分开,可下载如下文件,然后利用下面的perl脚本就可以把NR或者NT库分开成小库: ...
基因注释时,常常需要用blast比对一些大型数据库,例如NT、NR、TrEMBL等。这些数据库中的序列数目非常多,且包罗万象。于是,考虑根据先验信息,blast注释的时候,从这群数据库当中只选择特定物种的蛋白或核酸序列,即提高效率,又增加注释精度。 前期数据调研 无论NCBI的数据库和TrEMBL数据库,都提供了序列物种信息,而且物种...