diamond blastp -d nr -q query.faa -o output.txt --query/-q:输入检索序列(蛋白序列) --out/-o:输出文件,默认以 --outfmt 6 输出结果和BLAST+的 --outfmt 6 结果一致 diamond blastx -d nr -q query.fna -o output.txt --query/-q:输入检索序列(核酸序列) --out/-o:输出文件,默认以 --o...
`blastall -i test.fa -d test.fa -o testblast.out -p blastp -F F -m 8 -e 1e-5 -b 10 -v 10 -a 2``` 主要参数: 以上流程中所用参数: -i 所用查询序列文件 -d 所用序列数据库的名称 default=nr -o BLAST结果的输出文件 -p 所用程序名称: blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx -...
其他工具如BLASTP、USearch、LAST或MMSeqs2也经过优化以快速运行蛋白质比对,但仍然需要更长的计算时间,除了BLAST外,它们在处理非常大的数据集时的灵敏度都不如DIAMOND。这些工具在尝试处理NCBI nr数据库规模的搜索时已经表现出局限性,而NCBI nr数据库目前包含了最大的序列集合,涵盖了约1.2万种真核生物物种的基因组信...
`blastall -i test.fa -d test.fa -o testblast.out -p blastp -F F -m 8 -e 1e-5 -b 10 -v 10 -a 2``` 主要参数: 以上流程中所用参数: -i 所用查询序列文件 -d 所用序列数据库的名称 default=nr -o BLAST结果的输出文件 -p 所用程序名称: blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx -...
相当简单,只有两个子命令,blastx和blastp,前者比对DNA序列,后者比对蛋白 diamond blastx --db nr -q reads.fna -o dna_matches_fmt6.txt diamond blastp --db nr -q reads.faa -o protein_matches_fmt6.txt 参数简单介绍: -q: 输入的待检索序列 -o:指定输出文件,默认以 --outfmt 6 格式进行输出 ...
$ diamond blastx --db nr_eukaryon_20190405 --query reads.fq.gz --out reads.tab 将全基因组蛋白序列比对到数据库: $ diamond blastp --db nr_eukaryon_20190405 --query proteins.fasta --out nr.tab --outfmt 6 --sensitive --max-target-seqs 20 --evalue 1e-5 --id 30 --block-size 20....
-d 所用序列数据库的名称 default=nr -o BLAST结果的输出文件 -p 所用程序名称: blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx -F 查询序列过滤:将那些给出影响比对结果的低复杂度区域过滤掉 default = T -m 比对结果显示格式 defalut=0 -e 期望值,描述搜索某一特定数据库时,随机出现的匹配序列数目default = 10.0...
formatdb 简单介绍:formatdb处理的都是格式为 ASN.1和 FASTA,而且不论是核苷酸序列数据库,还是蛋白质序列数据库;不论是使用Blastall ,还是Blastpgp,Mega Blast应用程序,这一步都是不可少的。 主要参数的说明 -i 输入需要格式化的源数据库名称 Optional -p 文件类型,是核苷酸序列数据库,还是蛋白质序列数据库 T:p...
比BLAST更快的序列搜索工具:diamond简明教程 diamond是2015年nature methods上发布的一款新的比对软件,据说是一款比比对到NCBI-NR蛋白参考库更快更灵敏的软件。在比对短的reads比BLASTX快20000倍,并且具有相似的准确度。 参考文章: Benjamin Buchfink, Chao Xie, and Daniel H. Huson. Fast and sensitive protein ...
nohup diamond blastx-e1e-5\-d~/database/blastDB/nr/diamond/nr \-q~/lncrna/test/filter4_by_pfam_exon.fa \-f6-o./dna_matches.txt& 命令参数解读: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 -e1e-5# 比对得分期望的E值为0.00005-d~/database/blastDB/nr/diamond/nr # nr数据库-...