NIPYPE是一种用于神经影像学包的工作流程和接口。它允许用户在Python环境中使用NIPS(NeuroImage Interpretation Software)工具箱来执行神经影像学任务。 NIPYPE提供了一个灵活的框架,使用户能够轻松地创建、运行和可视化各种神经影像学任务。它可以与多种神经影像学软件包集成,如SPM、FSL、ANTs等,以便进行复杂的神经影像学...
于是出于对自身精神健康状况的考量,我从网上找到了这个Python库:Nipype。它的官网介绍大意是这样的: Nipype是一个Python开源项目,将大量神经影像处理工具集成为Python下统一的接口,包括ANTS,SPM,FSL,FreeSurfer,Camino,MRtrix,MNE,AFNI,Slicer,DIPY等,从而使用户可以仅仅通过Python让这些工具协同工作,对影像数据进行处理。
pipinstallnipype[all] 2.基本概念 从我目前的理解来看,Nipype应该是一个比较面向于开发人员的框架,并不太适合普通的医师进行数据处理,这可能也是国内并未普及的原因。Nipype是一个有些类似于TensorFlow这样的先定义计算,在进行执行的函数式编程框架(目前的理解,并未仔细研究函数式编程的定义),要想充分运用Nipype,发挥...
importnipype.interfaces.ioasnio# 生成一个DataGrabber对象ds=nio.DataGrabber()# 指定根目录ds.inputs.base_directory='/data/ds000114'# 指定模板,用来过滤文档ds.inputs.template='s*/ses-test/func/*fingerfootlips*.nii.gz'# 需要注意的是,此处并没有对文档进行排序,如果需要排序需要指定sorted参数ds.input...
synchronize的本意是同步,在Nipype中表示对于两个迭代变量,可以并行执行,这句话比较拗口,直接看图最合适不过了(都是官方的图和代码)。 b.iterables = [("m", [1, 2]), ("n", [3, 4])] image.png 假设节点b有两个迭代变量m和n,其迭代值分别是[1, 2]和[3, 4],如果我们不设置synchronize变量,那么...
http://nipy.org/nipype Python 2 Statement Python 2.7 reaches its end-of-life in January 2020, which means it willno longer be maintainedby Python developers.Many projectsare removing support in advance of this deadline, which will make it increasingly untenable to try to support Python 2, ev...
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需要说明的是,截止目前为止,Nipype在类Unix系统上会运行的更稳定一些,例如Linux、MacOS都是完美支持的,对于Windows则不完全支持(虽然能够通过Conda和Pip安装上,但是运行的时候会报错,似乎其中引用了一个getpwd的包,而这个包只支持Linux等系统)。 Nipye的安装主要有三种方式: ...
Namespace/Package:nipypeinterfacesafnipreprocess Class/Type:Bandpass 导入包:nipypeinterfacesafnipreprocess 每个示例代码都附有代码来源和完整的源代码,希望对您的程序开发有帮助。 示例1 deftest_Bandpass_outputs():output_map=dict(out_file=dict(),)outputs=Bandpass.output_spec()forkey,metadatainoutput_map.ite...
问python中的SPM Dicom转换(Ipython/ Nipype)ENUbuntu1804系统在安装完成以后，自动就安装好了Python3.6...