今天再学习一下第三个适用于单细胞转录组数据的细胞通讯工具:NicheNet,与其他常见细胞通讯分析软件(CellphoneDB,cellchat等工具)相比而言,NicheNet的创新之处在于通过结合细胞表达数据、信号、基因调控网络的先验知识,来预测相互作用的细胞之间的配体-靶基因的连接情况(并且真实的细胞通讯过程是配体-受体-信号蛋白-转录调控...
2.如果没有相应的条件或者状态来对细胞群进行区分, 只有稳态数据,是否可以采用NicheNet来进行分析?如果只对稳态条件下的配体 - 受体相互作用感兴趣(并且只有稳态条件数据),可以采用CellphoneDB 等其他一些工具来实现, 不建议将NicheNet应用于稳态数据,主要是由于不存在一组明确地受细胞间通讯过程影响的基因,从而...
2.如果没有相应的条件或者状态来对细胞群进行区分, 只有稳态数据,是否可以采用NicheNet来进行分析? 如果只对稳态条件下的配体 - 受体相互作用感兴趣(并且只有稳态条件数据),可以采用CellphoneDB 等其他一些工具来实现, 不建议将NicheNet应用于稳态数据,主要是由于不存在一组明确地受细胞间通讯过程影响的基因,从而可能导...
目前NicheNet在肿瘤微环境研究方面应用较多, 在最近发表的一篇关于转移性卵巢肿癌化疗耐药性研究的文章[2]中, 作者利用NicheNet软件来探索压力相关的癌细胞与炎症性癌症相关的成纤维细胞(iCAF)之间的细胞间相互作用。首先统计了两组差异基因集:CAF2( iCAF ...
首先,NicheNet收集涵盖配体-受体(例如,KEGG数据库)、细胞信号转导(例如,蛋白质-蛋白质相互作用和激酶-底物相互作用)、基因调控相互作用(例如,基于ChIP数据和motif的推断)的公共数据信息;然后,将这些独立的数据信息整合到两个加权网络中:(1)配体信号网络,其中包含蛋白质 - 蛋白质相互作用,涵盖从配体到下游转录调节因子...
NicheNet提供了一个三个功能相似的打包函数:nichenet_seuratobj_aggregate,nichenet_seuratobj_cluster_deandnichenet_seuratobj_aggregate_cluster_de.它们可以一步完成上述五步seurat对象的配体调控网络分析。 1.3 NicheNet主要功能 Specific functionalities of this package include: ...
nichenet的原理大家可以参考文章10X单细胞(10X空间转录组)通讯分析之NicheNet,10X单细胞(10X空间转录组)空间相关性分析和cellphoneDB与NicheNet联合进行细胞通讯分析,单细胞分析之细胞交互-5:NicheNet多组间互作比较。 Differential NicheNet analysis between niches of interest ...
首先,NicheNet收集涵盖配体-受体(例如,KEGG数据库)、细胞信号转导(例如,蛋白质-蛋白质相互作用和激酶-底物相互作用)、基因调控相互作用(例如,基于ChIP数据和motif的推断)的公共数据信息;然后,将这些独立的数据信息整合到两个加权网络中:(1)配体信号网络,其中包含蛋白质 - 蛋白质相互作用,涵盖从配体到下游转录调节因子...
看到一个做细胞通讯的工具NicheNet,感觉挺好用的,这里分享一下原理,后面更新一下它的用法。 细胞通讯的工具 列几个做细胞通讯常用的工具 CellPhoneDB:专注于通过分析多亚单位配体-受体复合物的表达数据来推断细胞间通信。 2020年发表在Nature Protocols,目前引用1713 ...
商标名称 NICHENET 国际分类 第42类-网站服务 商标状态 商标注册申请 申请/注册号 5074287 申请日期 2005-12-21 申请人名称(中文) 北京嘉禾朝阳科技有限公司 申请人名称(英文) - 申请人地址(中文) 北京市朝阳区静安里45号楼 申请人地址(英文) - 初审公告期号 - 初审公告日期 2009-03-06 注册公告期号 - 注...