2.如果没有相应的条件或者状态来对细胞群进行区分， 只有稳态数据，是否可以采用NicheNet来进行分析？如果只对稳态条件下的配体 - 受体相互作用感兴趣（并且只有稳态条件数据），可以采用CellphoneDB 等其他一些工具来实现， 不建议将NicheNet应用于稳态数据，主要是由于不存在一组明确地受细胞间通讯过程影响的基因，从而...
2.如果没有相应的条件或者状态来对细胞群进行区分, 只有稳态数据,是否可以采用NicheNet来进行分析? 如果只对稳态条件下的配体 - 受体相互作用感兴趣(并且只有稳态条件数据),可以采用CellphoneDB 等其他一些工具来实现, 不建议将NicheNet应用于稳态数据,主要是由于不存在一组明确地受细胞间通讯过程影响的基因,从而可能导...
目前NicheNet在肿瘤微环境研究方面应用较多, 在最近发表的一篇关于转移性卵巢肿癌化疗耐药性研究的文章[2]中, 作者利用NicheNet软件来探索压力相关的癌细胞与炎症性癌症相关的成纤维细胞(iCAF)之间的细胞间相互作用。首先统计了两组差异基因集:CAF2( iCAF ...
2.如果没有相应的条件或者状态来对细胞群进行区分, 只有稳态数据,是否可以采用NicheNet来进行分析? 如果只对稳态条件下的配体 - 受体相互作用感兴趣(并且只有稳态条件数据),可以采用CellphoneDB 等其他一些工具来实现, 不建议将NicheNet应用于稳态数据,主要是由于不存在一组明确地受细胞间通讯过程影响的基因,从而可能导...
今天再学习一下第三个适用于单细胞转录组数据的细胞通讯工具:NicheNet,与其他常见细胞通讯分析软件(CellphoneDB,cellchat等工具)相比而言,NicheNet的创新之处在于通过结合细胞表达数据、信号、基因调控网络的先验知识,来预测相互作用的细胞之间的配体-靶基因的连接情况(并且真实的细胞通讯过程是配体-受体-信号蛋白-转录调控...
nichenet的原理大家可以参考文章10X单细胞(10X空间转录组)通讯分析之NicheNet,10X单细胞(10X空间转录组)空间相关性分析和cellphoneDB与NicheNet联合进行细胞通讯分析,单细胞分析之细胞交互-5:NicheNet多组间互作比较。 Differential NicheNet analysis between niches of interest ...
首先,NicheNet收集涵盖配体-受体(例如,KEGG数据库)、细胞信号转导(例如,蛋白质-蛋白质相互作用和激酶-底物相互作用)、基因调控相互作用(例如,基于ChIP数据和motif的推断)的公共数据信息;然后,将这些独立的数据信息整合到两个加权网络中:(1)配体信号网络,其中包含蛋白质 - 蛋白质相互作用,涵盖从配体到下游转录调节因子...
NicheNet 可以用于研究配体如何影响假定相邻或者相互作用的细胞群中的基因表达情况,并根据其作用对最重要的配体进行优先排序。需要提供不同条件或者状态下,接受信号的细胞群(receiver cell)中的差异基因列表,通常认为这些基因的差异表达是sender信号细胞群中的配体导致的 。因此,可以是同一类型细胞在不同条件下的差异表达基...
首先,NicheNet收集涵盖配体-受体(例如,KEGG数据库)、细胞信号转导(例如,蛋白质-蛋白质相互作用和激酶-底物相互作用)、基因调控相互作用(例如,基于ChIP数据和motif的推断)的公共数据信息;然后,将这些独立的数据信息整合到两个加权网络中:(1)配体信号网络,其中包含蛋白质 - 蛋白质相互作用,涵盖从配体到下游转录调节因子...
其中,nichenet是一种基于R语言的单细胞测序分析工具,它为我们提供了一个全面而高效的研究平台。 nichenet为我们提供了一种全面的数据分析框架,使我们能够从单细胞测序数据中挖掘出有用的信息。通过nichenet,我们可以对细胞进行分类,并对不同类型的细胞进行比较和分析。这有助于我们深入了解细胞的功能和特性,并揭示细胞...