NicheNet详细使用教程倾情献上! 01 准备输入数据 这一步主要是读入NicheNet需要的三个文件,以及经过处理的seurat对象,这里读入的是PMID: 38199298提供的已经注释好的单细胞测序文件。 library(nichenetr) library(Seurat) library(tidyverse) sce = readRDS('D:\\Downloads/9ee21b30-0536-43b1-91e6-a6ee582ba38d...
NicheNet是一种模拟细胞间相互作用如何影响细胞基因表达的计算方法。真实的细胞通讯过程是配体-受体-信号蛋白-转录调控因子-靶基因， 因此仅仅分析配受体之间的相互作用存在一定的局限性。该方法的创新之处在于通过结合细胞表达数据、信号、基因调控网络的先验知识，来预测相互作用的细胞之间的配体-靶基因的连接情况。目前...
今天再学习一下第三个适用于单细胞转录组数据的细胞通讯工具:NicheNet,与其他常见细胞通讯分析软件(CellphoneDB,cellchat等工具)相比而言,NicheNet的创新之处在于通过结合细胞表达数据、信号、基因调控网络的先验知识,来预测相互作用的细胞之间的配体-靶基因的连接情况(并且真实的细胞通讯过程是配体-受体-信号蛋白-转录调控...
2.如果没有相应的条件或者状态来对细胞群进行区分, 只有稳态数据,是否可以采用NicheNet来进行分析? 如果只对稳态条件下的配体 - 受体相互作用感兴趣(并且只有稳态条件数据),可以采用CellphoneDB 等其他一些工具来实现, 不建议将NicheNet应用于稳态数据,主要是由于不存在一组明确地受细胞间通讯过程影响的基因,从而可能导...
NicheNet可以促进对感兴趣的细胞间通信过程的功能理解,其分析原理如下: NicheNet工作流程图 从公共数据库中收集配体-受体配对信息、信号通路、基因调控网络等数据,整合成配体主导的权重配体-靶基因调控模型。然后将可能受到细胞通讯影响的差异基因集输入先验模型,可以计算与这些基因相关的配体的相关性系数。最后挑选根据相关...
NicheNet(https://github.com/saeyslab/nichenetr)是一个计算不同细胞间相互作用的R包,通过细胞的表达数据与已知的信号和基因调控网络的相结合,预测相互作用细胞之间的配体-受体作用。通过将NicheNet应用于肿瘤和免疫细胞微环境数,可以推断出活性配体及其对相互作用细胞的基因调控作用。
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首先,NicheNet收集涵盖配体-受体(例如,KEGG数据库)、细胞信号转导(例如,蛋白质-蛋白质相互作用和激酶-底物相互作用)、基因调控相互作用(例如,基于ChIP数据和motif的推断)的公共数据信息;然后,将这些独立的数据信息整合到两个加权网络中:(1)配体信号网络,...
首先,NicheNet收集涵盖配体-受体(例如,KEGG数据库)、细胞信号转导(例如,蛋白质-蛋白质相互作用和激酶-底物相互作用)、基因调控相互作用(例如,基于ChIP数据和motif的推断)的公共数据信息;然后,将这些独立的数据信息整合到两个加权网络中:(1)配体信号网络,其中包含蛋白质 - 蛋白质相互作用,涵盖从配体到下游转录调节因子...
hello,大家好,今天我们来分享一个做细胞通讯的分析软件NicheNet,这个软件最大特点就是预测配体活性,所以很多文章里都将NicheNet和cellphoneDB联合使用,从而达到最好的通讯分析效果,文章在NicheNet: modeling intercellular communication by linking ligands to target genes,2019年12月发表于nature methods,影响因子30分,对于...