nichenetr结果解读 NicheNet是一种着眼于配体对下游基因调控作用的分析方法。其分析原理如下: 从公共数据库中收集配体-受体配对信息、信号通路、基因调控网络等数据,整合成配体主导的权重配体-靶基因调控模型。然后将可能受到细胞通讯影响的差异基因集输入先验模型,可以计算与这些基因相关的配体的相关性系数。最后挑选根据...
nichenet单细胞测序r语言 NichNet是一个单细胞测序数据的在线分析平台,它提供了一个交互式的界面,用于分析和可视化单细胞测序数据。R语言是一种编程语言,广泛用于生物信息学和统计学等领域。 在NichNet中,用户可以通过R语言进行数据分析。具体来说,NichNet提供了R脚本的模板,用户可以在模板的基础上修改和定制自己的R...
其中,nichenet是一种基于R语言的单细胞测序分析工具,它为我们提供了一个全面而高效的研究平台。 nichenet为我们提供了一种全面的数据分析框架,使我们能够从单细胞测序数据中挖掘出有用的信息。通过nichenet,我们可以对细胞进行分类,并对不同类型的细胞进行比较和分析。这有助于我们深入了解细胞的功能和特性,并揭示细胞...
nichenetr: the R implementation of the NicheNet method.The goal of NicheNet is to study intercellular communication from a computational perspective. NicheNet uses human or mouse gene expression data of interacting cells as input and combines this with a prior model that integrates existing knowledge ...
nichenetr nichenetr: the R implementation of the NicheNet method. The goal of NicheNet is to study intercellular communication from a computational perspective. NicheNet uses human or mouse gene expression data of interacting cells as input and combines this with a prior model that integrates existing...
在之前的教程中(【视频教程】Nichenetr V2(一):单细胞通讯分析基础流程及可视化修饰),进行ligands活性分析之后,直接按照ligands活性进行了排序,然后分析target和receptor。作者也提供了另外的方式进行排序,根据配体和受体的细胞类型和条件特异性对配体进行优先排序(github提供了详细的教程,可仔细查看)。与之前唯一的区别在于...
在之前的教程中(【视频教程】Nichenetr V2(一):单细胞通讯分析基础流程及可视化修饰),进行ligands活性分析之后,直接按照ligands活性进行了排序,然后分析target和receptor。作者也提供了另外的方式进行排序,根据配体和受体的细胞类型和条件特异性对配体进行优先排序(github提供了详细的教程,可仔细查看)。与之前唯一的区别在于...
master nichenetr/data/ Go to file This branch is 47 commits behind saeyslab:master. Latest commit Git stats History Files Type Name Latest commit message Commit time . . annotation_data_sources.rda Extend the model construction vignette with more examples! July 2, 2019 17:46 ...
This is described as well in the other vignette Perform NicheNet analysis starting from a Seurat object: step-by-step analysis:vignette("seurat_steps", package="nichenetr"). tumors_remove = c("HN10","HN","HN12", "HN13", "HN24", "HN7", "HN8","HN23") CAF_ids = sample_info %...
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