目前NicheNet可以处理人或者小鼠数据，以人类或小鼠的基因表达数据作为输入，并将其与通过整合配体到目标信号路径构建的先验模型进行结合。NicheNet分析中依赖的先验模型，主要是为了表征现有知识对配体可以调节目标基因表达的支持程度，为了计算这种配体-靶标调节潜力， NicheNet的先验模型中不仅包括配体-受体的相互作用信息，...
目前NicheNet可以处理人或者小鼠数据,以人类或小鼠的基因表达数据作为输入,并将其与通过整合配体到目标信号路径构建的先验模型进行结合。 NicheNet分析中依赖的先验模型,主要是为了表征现有知识对配体可以调节目标基因表达的支持程度,为了计算这种配体-靶标调节潜力, NicheNet的先验模型中不仅包括配体-受体的相互作用信息,还包...
一个细胞发出信息通过介质传递到另一个细胞并与靶细胞相应的受体作用,然后通过细胞信号转导产生细胞内一系列生理生化变化,最终表现为细胞整体的生物学效应的过程。 1.2 分析方法 NicheNet方法简述如下:通过整合InWeb_InBioMap、PhoshoSite,PathwayCommons和ConsensusPathDB等信号传导和蛋白质相互作用数据库构建配体与下游信号...
与其他常见细胞通讯分析软件(如CellphoneDB等)不同的是,NicheNet 在其分析单细胞转录组数据时,首先构建了细胞内配体、受体、信号蛋白、转录调控因子和靶基因互作信号网络先验知识数据库,然后基于该数据库,通过基因表达模式的强相关性,最终确定了细胞类型之间...
NicheNet分析中依赖的先验模型,主要是为了表征现有知识对配体可以调节目标基因表达的支持程度,为了计算这种配体-靶标调节潜力, NicheNet的先验模型中不仅包括配体-受体的相互作用信息,还包括了细胞内信号传导信息。因此,NicheNet除了预测哪些配体影响另一个细胞的基因表达外,还可以预测哪些靶基因受到这些配体的影响,以及哪些信...
系统总结nichenet多条件通讯差异分析 通讯软件 nichenet的原理大家可以参考文章10X单细胞(10X空间转录组)通讯分析之NicheNet,10X单细胞(10X空间转录组)空间相关性分析和cellphoneDB与NicheNet联合进行细胞通讯分析,单细胞分析之细胞交互-5:NicheNet多组间互作比较。
官方教程2:step by step: Following this vignette has the advantage that it allows users to adapt specific steps of the pipeline to make them more appropriate for their data. 更推荐用这个vigenette,更灵活,更有利于理解步骤和思考相分析的科学问题。
NicheNet是一种着眼于配体对下游基因调控作用的分析方法。其分析原理如下: 从公共数据库中收集配体-受体配对信息、信号通路、基因调控网络等数据,整合成配体主导的权重配体-靶基因调控模型。然后将可能受到细胞通讯影响的差异基因集输入先验模型,可以计算与这些基因相关的配体的相关性系数。最后挑选根据相关性系数排行靠前的...
NicheNet分析中依赖的先验模型,主要是为了表征现有知识对配体可以调节目标基因表达的支持程度,为了计算这种配体-靶标调节潜力, NicheNet的先验模型中不仅包括配体-受体的相互作用信息,还包括了细胞内信号传导信息。因此,NicheNet除了预测哪些配体影响另一个细胞的基因表达外,还可以预测哪些靶基因受到这些配体的影响,以及哪些信...
NicheNet分析中依赖的先验模型,主要是为了表征现有知识对配体可以调节目标基因表达的支持程度,为了计算这种配体-靶标调节潜力, NicheNet的先验模型中不仅包括配体-受体的相互作用信息,还包括了细胞内信号传导信息。因此,NicheNet除了预测哪些配体影响另一个细胞的基因表达外,还可以预测哪些靶基因受到这些配体的影响,以及哪些信...