在这一步中,将计算所有感兴趣的细胞类型的配体、受体和靶基因的平均(缩放)表达和表达分数。 现在,这通过 Seurat 的 DotPlot 函数进行了分析,但当然也可以通过其他方式完成。 features_oi = union(lr_network$ligand, lr_network$receptor) %>% union(ligand_activities_targets$target) %>% setdiff(NA) dotplot...
与其他常见细胞通讯分析软件（如CellphoneDB等）不同的是，NicheNet 在其分析单细胞转录组数据时，首先构建了细胞内配体、受体、信号蛋白、转录调控因子和靶基因互作信号网络先验知识数据库，然后基于该数据库，通过基因表达模式的强相关性，最终确定了细胞类型之间的潜在通讯，并且能够有效地预测配体活性。下面我们将从原理...
目前NicheNet可以处理人或者小鼠数据,以人类或小鼠的基因表达数据作为输入,并将其与通过整合配体到目标信号路径构建的先验模型进行结合。 NicheNet分析中依赖的先验模型,主要是为了表征现有知识对配体可以调节目标基因表达的支持程度,为了计算这种配体-靶标调节潜力, NicheNet的先验模型中不仅包括配体-受体的相互作用信息,还包...
每个工具都有它的优势与不足,在没有权威工具和流程的单细胞生信江湖里,多掌握几种分析方法和工具,探索数据时常常会有意想不到的惊喜。 往期专题 单细胞初级8讲和高级分析8讲 单细胞分析十八般武艺1:harmony 单细胞分析十八般武艺2:LIGER 单细胞分析十八般武艺3:fastMNN 单细胞分析十八般武艺4:velocyto 单细胞...
NicheNet ||细胞间相互作用分析 NicheNet(https://github.com/saeyslab/nichenetr)是一个计算不同细胞间相互作用的R包,通过细胞的表达数据与已知的信号和基因调控网络的相结合,预测相互作用细胞之间的配体-受体作用。通过将NicheNet应用于肿瘤和免疫细胞微环境数,可以推断出活性配体及其对相互作用细胞的基因调控作用。
NicheNet分析中依赖的先验模型,主要是为了表征现有知识对配体可以调节目标基因表达的支持程度,为了计算这种配体-靶标调节潜力, NicheNet的先验模型中不仅包括配体-受体的相互作用信息,还包括了细胞内信号传导信息。因此,NicheNet除了预测哪些配体影响另一个细胞的...
NicheNet分析中依赖的先验模型,主要是为了表征现有知识对配体可以调节目标基因表达的支持程度,为了计算这种配体-靶标调节潜力, NicheNet的先验模型中不仅包括配体-受体的相互作用信息,还包括了细胞内信号传导信息。因此,NicheNet除了预测哪些配体影响另一个细胞的基因表达外,还可以预测哪些靶基因受到这些配体的影响,以及哪些信...
与其他常见细胞通讯分析软件(如CellphoneDB等)不同的是,NicheNet 在其分析单细胞转录组数据时,首先构建了细胞内配体、受体、信号蛋白、转录调控因子和靶基因互作信号网络先验知识数据库,然后基于该数据库,通过基因表达模式的强相关性,最终确定了细胞类型之间的潜在通讯,并且能够有效地预测配体活性。 下面我们将从原理简介...
NicheNet是一种着眼于配体对下游基因调控作用的分析方法。其分析原理如下: 从公共数据库中收集配体-受体配对信息、信号通路、基因调控网络等数据,整合成配体主导的权重配体-靶基因调控模型。然后将可能受到细胞通讯影响的差异基因集输入先验模型,可以计算与这些基因相关的配体的相关性系数。最后挑选根据相关性系数排行靠前的...
与其他常见细胞通讯分析软件(如CellphoneDB等)不同的是,NicheNet 在其分析单细胞转录组数据时,首先构建了细胞内配体、受体、信号蛋白、转录调控因子和靶基因互作信号网络先验知识数据库,然后基于该数据库,通过基因表达模式的强相关性,最终确定了细胞类型之间的潜在通讯,并且能够有效地预测配体活性。