与其他常见细胞通讯分析软件（如CellphoneDB等）不同的是，NicheNet 在其分析单细胞转录组数据时，首先构建了细胞内配体、受体、信号蛋白、转录调控因子和靶基因互作信号网络先验知识数据库，然后基于该数据库，通过基因表达模式的强相关性，最终确定了细胞类型之间的潜在通讯，并且能够有效地预测配体活性。下面我们将从原理...
nichenet的原理大家可以参考文章10X单细胞(10X空间转录组)通讯分析之NicheNet,10X单细胞(10X空间转录组)空间相关性分析和cellphoneDB与NicheNet联合进行细胞通讯分析,单细胞分析之细胞交互-5:NicheNet多组间互作比较。 Differential NicheNet analysis between niches of interest 关于niche,在空间转录组上很常见,就是生态位、...
所以很多文章里都将NicheNet和cellphoneDB联合使用,从而达到最好的通讯分析效果,文章在NicheNet: modeling intercellular communication by linking ligands to target genes,2019年12月发表于nature methods,影响因子30分,对于这个方法,其实也一直在用,和cellphoneDB联合使用是真的赞,我们先来分享文章,最后分享一下代码...
第二个分析点,cellphoneDB与NicheNet联合进行细胞通讯分析,这个方法相当经典 Ligand-receptor interactions were inferred using a similar approach as previously described (Vento-Tormo et al., 2018)(这个地方就是cellphoneDB的分析结果). We first calculated average expression of ligand and receptor pairs across ...
MultiNicheNet,看这个名字就知道与nichenet有关,没错,multinichenetr主要目标是分析在两组之间(实验组 vs 对照)哪些受配体互作是差异表达以及具有活性差异,multinichenetr执行多组分析,建议单细胞数据又样本重复,每组至少4个样本。目前此包还会继续开发。相比于NicheNet,multinichenetr更加强大: ...
NicheNet是一种模拟细胞间相互作用如何影响细胞基因表达的计算方法。真实的细胞通讯过程是配体-受体-信号蛋白-转录调控因子-靶基因, 因此仅仅分析配受体之间的相互作用存在一定的局限性。该方法的创新之处在于通过结合细胞表达数据、信号、基因调控网络的先验知识,来预测相互作用的细胞之间的配体-靶基因的连接情况。目前Nich...
NicheNet是一种模拟细胞间相互作用如何影响细胞基因表达的计算方法。真实的细胞通讯过程是配体-受体-信号蛋白-转录调控因子-靶基因, 因此仅仅分析配受体之间的相互作用存在一定的局限性。该方法的创新之处在于通过结合细胞表达数据、信号、基因调控网络的先验知...
与其他常见细胞通讯分析软件(如CellphoneDB等)不同的是,NicheNet 在其分析单细胞转录组数据时,首先构建了细胞内配体、受体、信号蛋白、转录调控因子和靶基因互作信号网络先验知识数据库,然后基于该数据库,通过基因表达模式的强相关性,最终确定了细胞类型之间的潜在通讯,并且能够有效地预测配体活性。
NicheNet是一种模拟细胞间相互作用如何影响细胞基因表达的计算方法。真实的细胞通讯过程是配体-受体-信号蛋白-转录调控因子-靶基因, 因此仅仅分析配受体之间的相互作用存在一定的局限性。该方法的创新之处在于通过结合细胞表达数据、信号、基因调控网络的先验知识,来预测相互作用的细胞之间的配体-靶基因的连接情况。目前Nich...