NicheNet 在其分析单细胞转录组数据时,首先构建了细胞内配体、受体、信号蛋白、转录调控因子和靶基因互作信号网络先验知识数据库,然后基于该数据库,通过基因表达模式的强相关性,最终确定了细胞类型之间的潜在通讯,并且能够有效地预测配体活性。 原理简介 NicheNet是一种模拟细胞间相互作用如何影响细胞基因表达的计算方法。真...
之前写过 NicheNet 的标准分析pipeline，实际上做细胞互作分析的时候我们更多的还是在做样本间的互作差异比较。平常我用CellChat比较多，但其实NicheNet也可以做多样本互作比较，而且效果更好。加载所需要的包 读入演示数据 这个演示里面比较的是pEMT-high-niche和pEMT-low-niche，换成不同组都一样的。读入N...