1.3 SRA Toolkit下载数据 NCBI中公认的数据下载工具 1.3.1 安装sratoolkit软件 SRAToolkit 下载网址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software ## Centos 系统 https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/sratoolkit.3.0.0-centos_linux64.tar.gz ## Ubuntu 系统 https:...
nohup prefetch SRR26704446 -O ./ --max-size 99999999999999 --option-file SRR_Acc_List.txt & 三、从SRP中下载原始数据 1、背景:大部分情况是直接下载SRA文件,但是有的时候可能需要该样本的原始测序数据,这个时候我们可能需要从SRP下载。 SRP对应的往往是一个样本的所有数据,而SRX对应的是某一次实验所用的数...
Step5.在Format输入栏选择RunInfo Step6.点击Create File,此刻会生成一个名为SraRunInfo.csv的文件,图中标黄的一列即为不同次run数据的ftp地址。 wget-c50 下载地址 若想批量下载则把下载地址放到一个list里面,然后运行下面的代码: wget-c50-i list.txt 下面这个网址里面也有一些内容可供参考: https://www.jian...
1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径; 2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网,直接在SRA搜索栏里: 输入paper的title关键词NIFTY BGI 搜索结果: 选一个文件点击进去 进去之后,再点击SRP 然后: 出现如下内容: 然后选择所有SRR文件: 下载Accession list之后得到文件列表: 1 2 3...
wget -c 50 https://sra-downloadb.st-va.ncbi.nlm.nih.gov/sos2/sra-pub-run-4/ERR635048/ERR635048.1 若想批量下载这个样本的四个SRA数据,可以将这四个ftp地址整合到一个文件中(如文件名为list.txt)。 利用wget函数,-i 参数给出文件的名字 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 wget -...
这里显示的是该project下的所有数据,点击一个,进入sra数据界面 这里点击1GB(数据大小)的链接,进入下载界面 再点击Accesion List 下载 Accesio List 使用SRA Tookit 的prefetch进行下载 prefetch 放在sratoolkit文件夹下的bin ~/utilities/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin/prefetch --option-file SRR_Acc_List...
选择需要的SRA Tookit 版本进行下载,下载后直接解压到某个指定位置即可。然后搜索SRA数据,例如,我们要下载SRP108428(阅读文献可以找到公开数据的project号)下的所有数据,打开NCBI网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP108428(此处为project号),点击"Accession List"键,下载得到SRR List 储存在sra...
wget -c 50 -i list.txt 下⾯这个⽹址⾥⾯也有⼀些内容可供参考：下载好的数据是sra压缩格式，这个格式是ncbi特有的⼀种格式，需要将此格式的⽂件转换成fastq⽂件的格式 转换 .sra ⽂件成 .fastq/fasta ⽂件 #single-end 单端测序 .../fastq-dump DRR000003.sra # 结果⽣成DRR00...
同样是网上的方法。如果你保留了SRA文件,可以用以下命令来检查: AI检测代码解析 for i in `ls *.gz`; do SRR=${i%%_*}; echo $SRR >> list.txt; done for j in `sort -u list.txt` do vdb-validate $j done 1. 2. 3. 4. 5.
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