我们点击New Submission新建一个提交 我们选择high-throughout sequencing来完成scRNA-seq数据的上传,点开后发现,我们需要先下载一个meta文件进行信息的填写。 我们选择第二个,因为我们已经把测序文件上传到了SRA数据库,这样可以避免重复上传原始数据。 我们照着EXAMPLE的格式填写即可。 4.2 上传处理文件与meta 然后我们点...
原始数据( Raw data) 指测序下机后未经处理的全部原始数据文件, SRA 是 NCBI 中收录原始数据的主要数据库,有 454 , Illumina , SOLiD , IonTorrent , Helicos 和 CompleteGenomics 的下机数据 , 最为常见的是 illumina 产生的 fastq 格式数据。 一:注册NCBI账号 点击NCBI 主页 my profile填写个人信息(用户名...
SRA数据库, 为SequenceReadArchive的缩写。主要存储高通量测序的原始数据,来自四个测序平台,分别为:Roche_LS454,Illumina,ABI_SOLID和...,我们需要下载安装,下载地址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software 。 原始数据上传 NCBI最新攻略(扩曾子) ...
数据释放日期可以点击立即公开,也可以选择具体时间,一般选择在文章发表之后公开。 4、填写基因组组装信息:组装日期(Assembly date)、组装方法(Assembly method)、基因组覆盖度(Genome coverage)、测序技术(Sequencing technology)。 注意: 组装方法:一般扫描图选择ABYSS。 基因...
SRA 数据库:为Sequence Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的原始数据,来自四个测序平台,分别为:Roche_LS454,Illumina,ABI_SOLID和HELICOS。从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据,下载SRA数据的方法也有很多,这里来简单总结一下。 一、SRA Tookit下载 ...
我们选择high-throughout sequencing来完成scRNA-seq数据的上传,点开后发现,我们需要先下载一个meta文件进行信息的填写。 我们选择第二个,因为我们已经把测序文件上传到了SRA数据库,这样可以避免重复上传原始数据。 我们照着EXAMPLE的格式填写即可。 4.2 上传处理文件与meta 然后我们点击Create personalized upload space创建...
1) Chromosome Y sequencing 2) Opportunistic pathogen that causes important food-born disease 3) Global studies of microbial diversity on human skin 注意:红框中要选择是否关联其他数据,若选择“No”则红框中的内容不进行填写;选择“Yes”,红框中的内容为必填项。
nlm.nih.gov/)提供生物数据的上传储存、本地下载、在线分析和本地工具等服务，Sequence Read Archive(...
1、Sequence Read Archive (SRA):raw sequence data and alignment information from high throughput sequencing platforms including 454, illumina, SOLiD and PacBio. 此外, European Nucleotide Archive (ENA) 和 DNAnexus SRA 均有SRA数据。 2、Gene Expression Omnibus (GEO):RNA-Seq, ChIP-seq, RIP-seq, ...
1) Chromosome Y sequencing 2) Opportunistic pathogen that causes important food-born disease 3) Global studies of microbial diversity on human skin 注意:红框中要选择是否关联其他数据,若选择“No”则红框中的内容不进行填写;选择“Yes”,红框中的内容为必填项。