NCBI SRA数据库包括以下数据库:SRA(Sequence Read Archive)、GEO(Gene Expression Omnibus)、dbGaP(Database of Genotypes and Phenotypes)、BioProject、BioSample。SRA是主要存储高通量测序数据的数据库,其中包含来自各种测序平台的原始序列数据,可以进行大规模的生物学研究。GEO主要用于存储基因表达和基因谱数据,可以帮助...
第一个字母:表示样本最初被上传到的源数据库,NCBI会同步EBI和DDBJ的数据,同步后会保留源数据的来源信息。 S– NCBI’s SRA database E– EBI’s database D– DDBJ database 第二个字母:固定为"R",代表Read 第三个字母:数据的类型,可以是项目、样本、实验或RUN R– Run X– Experiment S– Sample P–...
一、简介 1.NCBI-SRA 数据库 SRA: Sequence Read Archive: It belongs to NCBI (National Center for...
1、Sequence Read Archive (SRA):raw sequence data and alignment information from high throughput sequencing platforms including 454, illumina, SOLiD and PacBio. 此外, European Nucleotide Archive (ENA) 和 DNAnexus SRA 均有SRA数据。 2、Gene Expression Omnibus (GEO):RNA-Seq, ChIP-seq, RIP-seq, H...
SRA 数据库: 为Sequence Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的原始数据,来自四个测序平台,分别为:Roche_LS454,Illumina,ABI_SOLID和HELICOS。从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据,下载S…
SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD,IonTorrent,Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列数据外,SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。 根据SRA数据产生的特点,将SRA数据分为四类: Studies-- 研究课题 ...
The NCBI SRA database is constantly expanding due to the large amount of genomic and transcriptomic data from various organisms generated by next-generation sequencing, and re-searchers worldwide regularly deposit new data into the database. This high-co
NCBI资源包括Entrez、Entrez编程组件、MyNCBI、PubMed、PudMed Central、PubReader、Gene、the NCBI Taxonomy Browser、BLAST、Pimer-Blast、COBALT、RefSeq、UniGene、HomoloGene、ProtEST、dbMHC、dbSNP、dbVar、Epigenomics、the Genetic Testing Registry、Genome和相关工具、比对查看器、跟踪存档、Sequence Read Archive、...
Sequence Read Archive(SRA):这个数据库存储了大量的高通量测序数据,包括DNA片段测序、RNA测序和蛋白质测序等信息,研究人员可以在其中找到适合自己研究的数据集。 Protein Data Bank(PDB):这是一个蛋白质三维结构数据库,存储了大量的蛋白质结构信息。研究人员可以通过PDB获取蛋白质结构数据,了解蛋白质的结构与功能之间的...
nlm.nih.gov/)提供生物数据的上传储存、本地下载、在线分析和本地工具等服务，Sequence Read Archive(...