NCBI的SRA(Sequence ReadArchive)数据库是抓们用于存储二代测序的原始数据,包括454, IonTorrent, Illumina, SOLiD, Helicos and CompleteGenomics.除了原始序列数据外,SRA现在也存在raw reads在参考基因的aligment information. NCBI中SRA数据结构的层次关系:Studies,Experiments, Samples,Runs: Studies是就实验目标而言的,...
Sequence Read Archive(SRA,以前称为 Short Read Archive)是一个生物信息学数据库,为 DNA 测序数据提供公共存储库,多是高通量测序产生的“短读长”,通常少于 1,000 个碱基对在长度上。该数据库是国际核苷酸序列数据库合作组织(INSDC)的一部分,由 NCBI、欧洲生物信息学研究所 (EBI) 和日本 DNA 数据库 (DDBJ)...
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SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD,IonTorrent,Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列数据外,SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。 根据SRA数据产生的特点,将SRA数据分为四类: Studies-- 研究课题 Experiments-- 实验设计 Runs-- 测序结果集 Samples-...
SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD,IonTorrent,Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列数据外,SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。 根据SRA数据产生的特点,将SRA数据分为四类: Studies-- 研究课题 ...
Sequence Read Archive(SRA)数据库是最常用的二代测序数据及其元数据(MetaData)的库，研究者往往将已...
SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD,IonTorrent,Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列数据外,SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。 根据SRA数据产生的特点,将SRA数据分为四类: Studies-- 研究课题 ...
SRA(Sequence Read Archive,之前称为Short Read Archive)是一个生物信息学数据库,为DNA测序数据提供公共储存库,特别是通过高通量测序生成的"short reads"(通常是小于1000碱基对长度的序列)。 今天给大家介绍SRA数据上传流程,该方法不但无需单独申请biosample和bioproject,而且再也不用担心没有服务器、上传慢的情况发生...
高通量测序,例如多样性、宏基因组、基因组、转录组等获得的原始数据包括fastq、bam、h5等。目前,越来越多的SCI期刊要求Paper发表时,提供原始数据在公共数据库的登录号。公共数据库NCBI(national center for biotechnology information)中的SRA(Sequence Read Archive)数据库,就是专门收录原始数据的数据库。
一、简介 1.NCBI-SRA 数据库 SRA: Sequence Read Archive: It belongs to NCBI (National Center for...