ncbi-genome-download是一个可以直接从NCBI上批量下载序列的软件,支持下载多种格式。 2. 安装 利用conda安装即可 conda install-c bioconda ncbi-genome-download 3. 重要参数说明 -s:选择数据库(genbank,refseq),默认是refseq数据库 -F:需要下载基因组的格式,可以多种格式同时下载,用逗号隔开,默认是genbank格式 -...
安装 ncbi-genome-download可通过pip3直接安装, pip3 install ncbi-genome-download 查看ncbi-genome-download版本, ncbi-genome-download –V ncbi-genome-download下载测试 ncbi-genome-download bacteria 下载完成后可在当前目录下refseq/bacteria查看数据信息,发布于 2024-08-21 14:39・IP 属地山东 ...
genome搜索界面 直接搜索物种或者类群的genome,可进入如上页面。点击genome,进入下面页面。 可选中 Download,下载包含assembly-accessions的table。 打开linux终端,安装ncbi-genome-download,并且把assembly-accessions单独制成xxxxx.txt ncbi-genome-download --formats protein-fasta --assembly-accessions xxxxx.txt plant -...
../ncbi-genome-download-runner.py -p 4 -F fasta,gff,genbank,protein-fasta -g "Janibacter melonis" bacteria -o Janibacter --flat-output 指定-S,下载指定Strain菌株 ../ncbi-genome-download-runner.py -p 4 -F fasta,gff,genbank,protein-fasta -T 1216971 bacteria -o 1216971 --flat-output 3...
最新版本基于python3开发，ncbi-genome-download 0.2.12为最后一个支持python2的版本。通过pip或conda安装。github文档提供示例，本文补充未提及的示例。使用--strains选项下载特定菌株，如丁香假单胞杆菌番茄致病变种DC3000（Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000）。使用--assembly-accessions下载特定...
1. 打开NCBI,在下拉栏里选择Genome,之后输入下载物种的拉丁名。以拟南芥Arabidopsis thaliana为例。 搜索结果如下图所示: 2. 点击上图的“GenomeAssembly and Annotation report”进入下面的界面: 将上图中scaffold和conting前的√去掉,系统会自动筛选出比较好的基因...
更多物种blast请使用此网址:http://www.ncbi.nlm./genome/browse/ 选择相应的物种做BLAST即可! 2),粘贴fasta格式的序列(可以是多条奥!!)或使用Accession number(s)、gi(s)(注意仅使用数字,不加上标志符gi)。选择一个要比对的数据库,如果是人和鼠则进行相应的选择,否则选择Others中的nr/nt 。关于数据库的说...
1、一、NCBI上下载基因序列、mRNA、CDS序列的方法1.打开NCBI网站,第一个框选择 Gene,第二个框输入基因名称,如 ALK基因,点击 Search。2.进入第二页面后,会看到如下一系列跟ALK基因相关的信息,根据 description和location的信息,找到自己需要的基因。空色框中表示的是物种,我需要的是人类的基因,故选择第一个。点击...
./datasets download --help gene Download a gene data package genome Download a genome data...
更多物种blast请使用此网址:http://www.ncbi.nlm./genome/browse/ 选择相应的物种做BLAST即可! 2,粘贴fasta格式的序列(可以是多条奥!!)或使用Accession number(s)、gi(s)(注意仅使用数字,不加上标志符gi)。选择一个要比对的数据库,如果是人和鼠则进行相应的选择,否则选择Others中的nr/nt 。关于数据库的说明...