ncbi-genome-download --genera genera.txt bacteria --flat-output --formats cds-fasta 这样genera文本中的所有菌种的基因组cds序列就一条代码下载完成了。 ⚠️补充:genera.txt文本中有10个菌种名,而下载了13个文件,说明有的菌种名下面有来自不同上传者提供的基因组信息。我们在NCBI中搜索一下,发现文本中第...
../ncbi-genome-download-runner.py -p 4 -F fasta,gff,genbank,protein-fasta --assembly-accessions 1.txt bacteria 根据-g,物种名称下载,例如Janibacter ../ncbi-genome-download-runner.py -p 4 -F fasta,gff,genbank,protein-fasta -g "Janibacter melonis" bacteria -o Janibacter --flat-output 指定...
最新版本基于python3开发，ncbi-genome-download 0.2.12为最后一个支持python2的版本。通过pip或conda安装。github文档提供示例，本文补充未提及的示例。使用--strains选项下载特定菌株，如丁香假单胞杆菌番茄致病变种DC3000（Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000）。使用--assembly-accessions下载特定...
NCBI蛋白质基因组下载 genome搜索界面 直接搜索物种或者类群的genome,可进入如上页面。点击genome,进入下面页面。 可选中 Download,下载包含assembly-accessions的table。 打开linux终端,安装ncbi-genome-download,并且把assembly-accessions单独制成xxxxx.txt ncbi-genome-download --formats protein-fasta --assembly-accession...
文档中没提到的根据--strains进行下载的示例。 这里我以丁香假单胞杆菌番茄致病变种DC300(Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (g-proteobacteria)为例。(丁香假单胞杆菌里的明星菌株) 下图为页面信息 $ ncbi-genome-download --formats all --strains DC3000 bacteria# 报错说部分文件格式不存在,不影响...
下载链接:https://github.com/kblin/ncbi-genome-download/blob/master/README.md 比如说,你想下载全部NCBI的refseq的全体细菌基因组(默认是refseq参考序列数据库),默认的格式为genbank:ncbi-genome-download bacteria 只要genbank数据库的全体真菌基因组:ncbi-genome-download --sectiongenbank fungi ...
安装 ncbi-genome-download可通过pip3直接安装, pip3 install ncbi-genome-download 查看ncbi-genome-download版本, ncbi-genome-download –V ncbi-genome-download下载测试 ncbi-genome-download bacteria 下载完成后可在当前目录下refseq/bacteria查看数据信息,发布于 2024-08-21 14:39・IP 属地山东 ...
ncbi-genome-download工具能根据输入的taxid或物种名称直接从NCBI上批量下载序列的软件,支持下载多种格式。 2. taxonkit 与 ncbi-genome-download安装 使用conda安装。 # taxonkit安装conda install taxonkit -y# NCBI上批量下载序列软件conda install -c bioconda ncbi-genome-download -y ...