安装 ncbi-genome-download可通过pip3直接安装, pip3 install ncbi-genome-download 查看ncbi-genome-download版本, ncbi-genome-download –V ncbi-genome-download下载测试 ncbi-genome-download bacteria 下载完成后可在当前目录下refseq/bacteria查看数据信息,发布于 2024-08-21 14:39・IP 属地山东 ...
ncbi-genome-download工具能根据输入的taxid或物种名称直接从NCBI上批量下载序列的软件,支持下载多种格式。 2. taxonkit 与 ncbi-genome-download安装 使用conda安装。 # taxonkit安装conda install taxonkit -y# NCBI上批量下载序列软件conda install -c bioconda ncbi-genome-download -y 3. NCBI Taxonomy数据文件下载...
ncbi-genome-download --section genbank fungi 要从RefSeq下载所有FASTA格式的病毒基因组,请运行: ncbi-genome-download --formats fasta viral 可以通过提供格式列表或仅下载所有格式来下载多种格式: ncbi-genome-download --formats fasta,assembly-report viral ncbi-genome-download --formats all viral ...
下载青枯菌(Ralstonia solanacearum)中全部完整和染色体的基因组,模式的下载格式为genbank,下载的全部文件存放在目录“R.solanacearum”中 ncbi-genome-download -g "Ralstonia solanacearum" bacteria -l "complete,chromosome" --flat-output -o R.solanacearum 下载假单胞菌属(Pseudomonas)中所有的基因组序列 ncbi-ge...
最新版本基于python3开发，ncbi-genome-download 0.2.12为最后一个支持python2的版本。通过pip或conda安装。github文档提供示例，本文补充未提及的示例。使用--strains选项下载特定菌株，如丁香假单胞杆菌番茄致病变种DC3000（Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000）。使用--assembly-accessions下载特定...
NCBI蛋白质基因组下载 genome搜索界面 直接搜索物种或者类群的genome,可进入如上页面。点击genome,进入下面页面。 可选中 Download,下载包含assembly-accessions的table。 打开linux终端,安装ncbi-genome-download,并且把assembly-accessions单独制成xxxxx.txt ncbi-genome-download --formats protein-fasta --assembly-accession...
To download only bacterial reference genomes from RefSeq in GenBank format, run: ncbi-genome-download --refseq-categories reference bacteria To download bacterial RefSeq genomes of the genus Streptomyces, run: ncbi-genome-download --genera Streptomyces bacteria Note: This is a simple string match on...
$ ncbi-genome-download --formats all --strains DC3000 bacteria# 报错说部分文件格式不存在,不影响后面的下载。ERROR: No entryforfile ending in'_rm.out.gz'ERROR: No entryforfile ending in'_wgsmaster.gbff.gz'ERROR: No entryforfile ending in'_rna.fna.gz'$ ls refseq/bacteria/GCF_000007805.1...
下载链接:https://github.com/kblin/ncbi-genome-download/blob/master/README.md 比如说,你想下载全部NCBI的refseq的全体细菌基因组(默认是refseq参考序列数据库),默认的格式为genbank:ncbi-genome-download bacteria 只要genbank数据库的全体真菌基因组:ncbi-genome-download --sectiongenbank fungi ...
kblin / ncbi-genome-download Public Notifications Fork 175 Star 918 Code Issues 42 Pull requests Discussions Actions Projects Security Insights Labels Milestones 1 Open 0 Closed Sort 0.2.3 release No due date Last updated about 5 years ago 0.2.3 bugfix release. 100% complete ...