安装前的准备 版本信息 系统版本:KeyarchOS 5.8 SP1 软件版本:Python、pip3 支持的架构:x86_64 资源准备 4核8G Kos虚拟机 安装 ncbi-genome-download可通过pip3直接安装, pip3 install ncbi-genome-download 查看ncbi-genome-download版本, ncbi-genome-download –V ncbi-genome-download下载测试 ncbi-genome-dow...
1. 简介 ncbi-genome-download是一个可以直接从NCBI上批量下载序列的软件,支持下载多种格式。 2. 安装 利用conda安装即可 conda install-c bioconda ncbi-genome-download 3. 重要参数说明 -s:选择数据库(genbank,refseq),默认是refseq数据库 -F:需要下载基因组的格式,可以多种格式同时下载,用逗号隔开,默认是gen...
网址:https://github.com/kblin/ncbi-genome-download 1.下载安装 git clone https://github.com/kblin/ncbi-genome-download.git cd ncbi-genome-download 2.使用举例 注意:下载的时候出现过MD5不匹配的情况 根据--assembly-accessions,组装accessions下载,1.txt里边是:GCF_003721155.3,可以写多个 cd tests ../...
最新版本基于python3开发，ncbi-genome-download 0.2.12为最后一个支持python2的版本。通过pip或conda安装。github文档提供示例，本文补充未提及的示例。使用--strains选项下载特定菌株，如丁香假单胞杆菌番茄致病变种DC3000（Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000）。使用--assembly-accessions下载特定...
然后重新运行ncbi-genome-download安装。 或者,ncbi-genome-download也被打包在conda。请参阅 Anaconda/miniconda 网站以安装发行版(强烈推荐)https://conda.io/miniconda.html安装后可以执行以下操作: conda install -c bioconda ncbi-genome-download ncbi-genome-download仅在Python团队仍活跃支持下的Python版本上开发和...
ncbi-genome-download工具能根据输入的taxid或物种名称直接从NCBI上批量下载序列的软件,支持下载多种格式。 2. taxonkit 与 ncbi-genome-download安装 使用conda安装。 # taxonkit安装conda install taxonkit -y# NCBI上批量下载序列软件conda install -c bioconda ncbi-genome-download -y ...
安装前的准备 版本信息 系统版本:KeyarchOS 5.8 SP1 软件版本:Python、pip3 支持的架构:x86_64 资源准备 4核8G Kos虚拟机 安装 ncbi-genome-download可通过pip3直接安装, pip3 install ncbi-genome-download 查看ncbi-genome-download版本, ncbi-genome-download –V ncbi-genome-download下载测试 ncbi-genome-dow...