ncbi-genome-download能够批量下载NCBI的基因组相关数据,数据源自refseq数据库和genbank数据库,提供了多种文件格式和特定内容的下载。利用ncbi-genome-download能够避免从NCBI网页上查找下载的繁琐操作,在特定…
git clonehttps://github.com/kblin/ncbi-genome-download.git cd ncbi-genome-download 2.使用举例 注意:下载的时候出现过MD5不匹配的情况 根据--assembly-accessions,组装accessions下载,1.txt里边是:GCF_003721155.3,可以写多个 cd tests ../ncbi-genome-download-runner.py -p 4 -F fasta,gff,genbank,protei...
ncbi-genome-download是一个可以直接从NCBI上批量下载序列的软件,支持下载多种格式。 2. 安装 利用conda安装即可 conda install-c bioconda ncbi-genome-download 3. 重要参数说明 -s:选择数据库(genbank,refseq),默认是refseq数据库 -F:需要下载基因组的格式,可以多种格式同时下载,用逗号隔开,默认是genbank格式 -...
ncbi-genome-download能够批量下载NCBI的基因组相关数据,数据源自refseq数据库和genbank数据库,提供了多种文件格式和特定内容的下载。利用ncbi-genome-download能够避免从NCBI网页上查找下载的繁琐操作,在特定场景下使用可以高效获取数据,方便快捷。 安装前的准备 版本信息 系统版本:KeyarchOS 5.8 SP1 软件版本:Python、pip...
ncbi-genome-download工具能根据输入的taxid或物种名称直接从NCBI上批量下载序列的软件,支持下载多种格式。 2. taxonkit 与 ncbi-genome-download安装 使用conda安装。 # taxonkit安装conda install taxonkit -y# NCBI上批量下载序列软件conda install -c bioconda ncbi-genome-download -y ...
ncbi-genome-download能够批量下载NCBI的基因组相关数据,数据源自refseq数据库和genbank数据库,提供了多种文件格式和特定内容的下载。利用ncbi-genome-download能够避免从NCBI网页上查找下载的繁琐操作,在特定场景下使用可以高效获取数据,方便快捷。 安装前的准备 版本信息 系统版本:KeyarchOS 5.8 SP1 软件版本:Python、pip...