$ ncbi-genome-download --section refseq --genera"Actinidia chinensis"--parallel4--formats fasta,gff,protein-fasta plant ERROR: No downloads matched your filter. Please check your options. 下面选择genbank下载 植物的gbff格式,基本没用。 $ ncbi-genome-download --section genbank --genera"Actinidia ...
../ncbi-genome-download-runner.py -p 4 -F fasta,gff,genbank,protein-fasta -g "Janibacter melonis" bacteria -o Janibacter --flat-output 指定-S,下载指定Strain菌株 ../ncbi-genome-download-runner.py -p 4 -F fasta,gff,genbank,protein-fasta -T 1216971 bacteria -o 1216971 --flat-output 3...
- genera：可模糊匹配，文件每行一个属名，配合--fuzzy-genus进行模糊匹配。如：ncbi-genome-download --genera coelicolor --fuzzy-genus bacteria - output-folder：指定输出文件夹，默认使用层级文件夹。配合--flat-output取消子文件夹存放。- max-workers：最大并发数，影响下载速度，默认为1。显示...
ncbi-genome-download是一个可以直接从NCBI上批量下载序列的软件,支持下载多种格式。 2. 安装 利用conda安装即可 conda install-c bioconda ncbi-genome-download 3. 重要参数说明 -s:选择数据库(genbank,refseq),默认是refseq数据库 -F:需要下载基因组的格式,可以多种格式同时下载,用逗号隔开,默认是genbank格式 -...
ncbi-genome-download bacteria,viral #从refseq中下载病毒的assembly_report和fasta数据 ncbi-genome-download --format assembly-report,fasta viral --parallel 4 根据我使用的初体验来说,ncbi-genome-download似乎支持断点续传,因为即使程序中断过后再次使用,也不会是重新下载。该工具类比于NCBI的edirct工具集,在不同...
pip install ncbi-genome-download Alternatively, clone this repository from GitHub, then run (in a python virtual environment) pip install. If this fails on older versions of Python, try updating yourpiptool first: pip install --upgrade pip ...
pip install ncbi-genome-download Alternatively, clone this repository from GitHub, then run (in a python virtual environment) pip install. If this fails on older versions of Python, try updating yourpiptool first: pip install --upgrade pip ...
ncbi-genome-download --genera genera.txt bacteria --flat-output --formats cds-fasta 这样genera文本中的所有菌种的基因组cds序列就一条代码下载完成了。 ⚠️补充:genera.txt文本中有10个菌种名,而下载了13个文件,说明有的菌种名下面有来自不同上传者提供的基因组信息。我们在NCBI中搜索一下,发现文本中第...
下载链接:https://github.com/kblin/ncbi-genome-download/blob/master/README.md 比如说,你想下载全部NCBI的refseq的全体细菌基因组(默认是refseq参考序列数据库),默认的格式为genbank:ncbi-genome-download bacteria 只要genbank数据库的全体真菌基因组:ncbi-genome-download --sectiongenbank fungi ...
NCBI蛋白质基因组下载 genome搜索界面 直接搜索物种或者类群的genome,可进入如上页面。点击genome,进入下面页面。 可选中 Download,下载包含assembly-accessions的table。 打开linux终端,安装ncbi-genome-download,并且把assembly-accessions单独制成xxxxx.txt ncbi-genome-download --formats protein-fasta --assembly-accession...