./sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/prefetch SRR26864896 #会生成一个SRR26864896的目录,里边是SRR26864896.sra,大小173M ./SRAToolkit/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/fastq-dump --split-3 SRR26864896 #或者 ~/software/SRAToolkit/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/fasterq-dump --split-3...
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/sratoolkit.3.0.0-ubuntu64.tar.gz ## 解压 tar zxf sratoolkit.3.0.0-ubuntu64.tar.gz ##运行 vdb-config --interactive ## 添加环境变量 echo 'PATH=$PATH:~/software/sratoolkit.3.0.0-ubuntu64/bin' >> ~/.bashrc > prefetch -h Usa...
1. 使用SRA Toolkit SRA Toolkit 是一组命令行工具,用于从NCBI下载和处理SRA数据。 安装SRA Toolkit 你可以从SRA Toolkit 官方网站下载并安装适合你操作系统的版本。 配置SRA Toolkit 安装完成后,你需要配置工具以便正常使用。 vdb-config --interactive 下载SRA 数据 使用prefetch 命令下载 SRA 数据。 prefetch SRRXX...
首先进入官网下载对应版本的SRA Toolkit:Download : Software : Sequence Read Archive : NCBI/NLM/NIH 安装过程非常简单: cd /local/txm/software wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64.tar.gz tar -zvxf sratoolkit.2.11.0-centos_linux64.tar.gz vi...
下载单次run的sra数据,可以直接用命令,默认下载到当前目录下。其中-c 50 参数是指若下载过程中断,会自动尝试50次继续下载: 代码语言:javascript 复制 wget-c50https://sra-downloadb.st-va.ncbi.nlm.nih.gov/sos2/sra-pub-run-4/ERR635048/ERR635048.1 ...
今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法。 方法1 NCBI告知的方法(中断不能继续下载) ...
1、首先,进入GEO,以GSM2309041这套数据为例,找到需要的sra数据,SRX2159543 2、然后在GEO profile中搜索SRX2159543 点击:如下图所示: 点击Download data 4、右击鼠标,选择“复制下载链接”。 进入Linux下载。 5、 wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByExp/sra/SRX/SRX215/SRX215954...
从NCBI中下载SRA数据 今天测试了fastq-dump直接 根据SRA号无法下载。 只有下面一种方法测试成功。 001、 002、 003、 004、 005、 [root@PC1 test]# wget https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/SRR001/770/SRR1770413/SRR1770413.sralite.1## 下载该数据[root@PC1 ...
首先根据文献里的链接点击进入NCBI SRA的界面 比如说我看的这篇文章 GSE开头的点出来是这个效果 而SRA点出来是这种 SRA开头效果 这两种都可以,只是下一步操作不同,第一种(GSE)直接点击最下面的SRA Run Selector GSE开头下一步 而第二种(SRA)的需要首先选择你想要下载的数据,然后点send to -> Run Selector ...
用Aspera connect从NCBI上下载SRA格式数据: 一. window 1.下载地址: http://downloads.asperasoft.com/connect2/ 2.安装很简单,略 3.下载: 数据下载地址: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/1000genomes/ ...