首先进行Blast类型的选择: blastp:将待查询的蛋白质序列及其互补序列一起对蛋白质序列数据库进行查询; blastn:将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询; blastx:先将待查询的核酸序列按六种可读框架(逐个向前三个碱基和逐个向后三个碱基读码)翻译成蛋白质序列,然后将翻译结果对蛋白质序列数据库...
Blastp界面和Blastn一样有输入序列框,也可以上传文件和比对多个序列。 选择数据库包括非冗余蛋白质序列,蛋白质参考数据库,UniProt/SWISS-PROT注释蛋白质序列,宏基因组蛋白质及其他。 可选择算法程序包括:Quick BLASTP可以快速搜索相似匹配序列。默认标准的blastp模式以给定的序列的相似度来进行一般性查找。PSI-BLAST通过...
BlastN : 应该是出现较早的算法。比对的速度慢,但允许更短序列的比对(如短到7个碱基的序列)。 MEGABLAST : 主要用来鉴定一段新的核酸序列,它并不注重比对各个碱基的不同和序列片断的同源性,而只注重被比对序列是否是数据库未收录的,是否为新的提交序列或基因。速度快。同一物种间的。 Discontiguous MEGABLAST :...
同时BLAST针对不同的序列类型,会采用不同Blast子程序。每个子程序简介如下:blastp:将待查询的蛋白质序列对蛋白质序列数据库进行查询(蛋白与蛋白序列库比对);blastn:将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询(核酸与核酸序列库比对);blastx:先将待查询的核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列,...
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是由NCBI(National Center for Biotechnology Information)开发的基于局部比对算法的一组搜索工具。BLAST包含有NCBI的很多数据库。 BLAST主要包括BLASTn,BLASTp,BLASTx,tBLASTn 和tBLASTx。 官网:BLAST: Basic Local Alignment...
访问NCBI网站，首先需要访问：http://130.14.29.110/BLAST/index.shtml，选择"Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)"选项。在页面中，找到一个较大的输入框，这里需要输入你想要搜索的序列。输入完毕后，点击"BLAST!"按钮，启动搜索。接下来，根据搜索结果的格式要求，点击"Format!"按钮。这将打开一个...
NCBI在线版Blast使用(超详细奥) 首先进行Blast类型的选择: blastp:将待查询的蛋白质序列及其互补序列一起对蛋白质序列数据库进行查询; blastn:将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询; blastx:先将待查询的核酸序列按六种可读框架(逐个向前三个碱基和逐个向后三个碱基读码)翻译成蛋白质序列,...
1️⃣ 选择合适的BLAST工具:根据你的需求选择BLAST程序,例如blastn用于核酸序列比对,blastp用于蛋白序列比对,blastx用于将核酸序列翻译成蛋白序列后进行比对。2️⃣ 准备序列数据:确保你的序列数据是正确的FASTA格式,以">"开头,后跟序列标识符和描述信息,然后是序列本身。
BLASTn:用于比较两个核酸序列之间的相似性,特别适用于比较DNA序列。 BLASTp:用于比较两个蛋白质序列之间的相似性。 BLASTx:将核酸序列翻译成蛋白质序列后,再与蛋白质数据库中的序列进行比较。这有助于在未知核酸序列的编码区寻找潜在的蛋白质编码信息。 tBLASTn:将蛋白质序列反翻译成核酸序列后,再与核酸数据库中的...
blastn 是用DNA序列去检索其匹配序列时的选项,告诉程序你的序列是核酸序列,你希望检索核酸库,是最常用的一种检索方式。 balstp是用蛋白序列去检索时的选项。blastx是你希望数据库把你提交的序列去同时检索DNA库和蛋白库。tblastn是你提交的是DNA序列,你希望程序自动将其翻译后去检索相匹配的蛋白序列。所以,选择什么...